参考医学图像处理教程系列:https://cloud.tencent.com/developer/article/1652244
医学图像处理软件包 SimpleITK
SimpleITK中的图像概念与计算机视觉中的图像差异是非常大的,后者是简单的多维矩阵,前者中图像是表示一种真实的物理实体,图像中的每一个像素都表示了是真实物理空间中的一个点,不仅仅有像素值,还有坐标,间距,方向等概念。
SimpleITK读取医学图像
- 读取dicom序列文件,用ImageSeriesReader()
# read dicom series image
dicom_input_dir = "E:\Data\other\LIDC_nodul"
print("Reading Dicom directory:", dicom_input_dir)
reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_input_dir)
reader.SetFileNames(dicom_names)
image = reader.Execute()
2 读取非dicom文件,用ReadImage
# read image
image = sitk.ReadImage("srcdicom.mha")
3 写成非dicom文件
# write dicom image
sitk.WriteImage(image, "srcdicom.mha")
4 SimpleITK图像数据转成Numpy矩阵数据,用GetArrayFromImage()函数,注意sitk图像大小顺序是x,y,z,而numpy矩阵的大小顺序是z,y,x
# sitk image to numpy data
np_array = sitk.GetArrayFromImage(image)
5 Numpy矩阵数据转成SimpleITK图像数据,用DetImageFromArray()函数
# numpy data to sitk image
sitk_image = sitk.GetImageFromArray(np_array)
sitk_image.SetOrigin(origin)
sitk_image.SetSpacing(spacing)
sitk_image.SetDirection(direction)