百姓基因：新一代基因测序技术及其在肿瘤研究中的应用

基因测序技术的进步, 为分子生物学的发展, 起到了巨大的推动作用。传统的基因测序技术的重要代表, 是所谓的Sanger测序法, 这是一种以末端终止法为原理建立起来的技术。20世纪90年代开始启动的人类基因组计划, 就是将Sanger测序法加以自动化的改进之后, 通过大规模的国际合作, 才最终完成的。这项计划, 耗时十数年, 直接花费超过十亿美元。显然, 高昂的测序成本, 限制了基因测序技术的更常规的使用。近几年, 新一代基因测序技术(next-generation sequencing technology)的出现, 则呈几何级数地降低了基因测序的成本, 在不远的将来, 类似人类基因组规模的测序, 预期只需要1 000美元就可以完成。

新一代基因测序技术, 由于测序成本的大幅度降低, 使之能够成为解决一般性的基因分子生物学问题的有效工具。新一代基因测序技术的发展, 无疑也为肿瘤分子生物学的研究, 提供了新的手段。本文将主要就新一代基因测序技术的特点和发展趋势及其在肿瘤研究中的应用, 作简要的综述。

1.?新一代基因测序技术代表了生命科学技术发展的一种趋势
对于一个经典的生命科学实验, 其过程通常主要由三个部分组成, 即:实验材料和试剂的准备; 生物反应的进行, 对反应结果的观察和总结。将这一过程具体到传统的Sanger基因测序法, 即:序列片段和相关试剂的准备, 末端终止法测序反应的进行, 通过电泳将序列片段分离并观察结果。对这类经典的生命科学实验而言, 通常第一和第二两个步骤比较简单, 而最耗时耗力的是第三步, 对实验结果的观察。在传统的基因测序法中, 利用电泳将序列片段分离并观察结果, 是一个最影响测序效率的步骤。在人类基因组计划实施的过程中, 其所依赖的是对第三步实验过程的自动化。但即使这样, 人类基因组的成本依然很高。

显然, 要想从根本上降低生命科学实验的成本, 就必须大大降低以上对实验结果观察的费用, 而要从根本上降低序列片段的分离和观察的费用。新一代基因测序技术所代表的, 就是一个重要的方向:对实验反应的信号进行实时观察, 从而避免了以上所说的经典实验过程的第三个步骤的制约, 而也正是这个特点, 才使得测序成本能够被大大的降低。

2.?新一代基因测序技术的基本原理
严格地说, 所谓新一代基因测序技术, 并不是某种单一的技术, 而是一个技术群。不同的新一代基因测序技术, 在其原理上, 还是有很大的差别的。目前, 相对比较成熟、已经市场化或者接近市场化的, 主要有三家:Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术以及ABI公司的SOLiD技术。它们则分别使用了不同的测序原理。

2.1. 454测序原理
454测序技术主要应用pyrosequencing原理:先使特异性的测序引物和单链DNA模板结合后, 在多种酶, 包括DNA聚合酶(DNA polymerase)、ATP硫酸化酶(ATP sulfurylase)、荧光素酶(luciferase)和双磷酸酶(apyrase)以及底物APS和Luciferin等的共同参与下, 将每一个dNTP的聚合与荧光信号的释放偶联起来。具体说来则是当向反应体系中加入1种dNTP, 如果它刚好能和DNA模板的下一个碱基配对, 则会在DNA聚