0319zz-CSDN博客

原创 VARNAP:RNA可视化小程序使用方法

更具体地说，如果 k 是周期，则对 RNA 的第一个和最后一个碱基进行编号，同时对编号是 k 的倍数的每个碱基进行编号。在此操作中使用的是碱基编号，而不是碱基索引，如果 RNA 中缺少碱基，碱基索引可能会不同。可用选项与单个碱基完全相同，并且一次应用于循环中的所有碱基，但对此选择不可用的注释除外。可用选项与单碱基完全相同，并同时应用于循环中的所有碱基，但注释除外，该选项不可用。可用选项与单个碱基完全相同，并且一次应用于循环中的所有碱基，不可用的注释除外。然后，可以通过一次操作设置一堆碱基的颜色。

2024-08-23 17:47:39 546

原创 UNet 3+：用于医学图像分割的全尺寸连接 UNet

医学图像中的自动器官分割是许多临床应用中的关键步骤。近年来，卷积神经网络（CNN）极大地促进了各种分割模型的发展，例如全卷积神经网络（FCN）[1], 大学网[2], PSP网络[3]以及一系列DeepLab版本[4]–[6]。特别是，基于编码器-解码器架构的UNet被广泛应用于医学图像分割。它使用跳跃连接来组合来自解码器的高级语义特征图和来自编码器的相应低级详细特征图。为了从 UNet、UNet++ 中的普通跳过连接中消除语义上不同特征的融合[7]

2024-08-06 13:11:59 754

原创 GCNfold：一种具有有效提取子的新型轻量级模型，用于 RNA 二级结构预测

RNA二级结构对于预测三级结构和理解RNA功能至关重要。最近的研究倾向于堆叠大量模块来设计大型深度学习模型。这可以将准确率提高到70%以上，同时也会带来显著的训练成本和预测效率。我们提出了一个具有三个特征提取器的模型，称为 GCNfold。Structure Extractor 利用三层图卷积网络（GCN）来挖掘 RNA 的结构信息，例如茎、发夹和内部环。Structure and Sequence Fusion 使用 Transformer Encoders 将结构信息嵌入到序列中。

2024-08-05 17:51:29 911

原创 SPOT-RNA:使用二维深度神经网络和迁移学习的集合进行 RNA 二级结构预测

RNA 二级结构由其核苷酸序列中通过氢键配对的核苷酸碱基列表表示。这些碱基对的堆叠形成了驱动RNA三维结构折叠的支架1。因此，RNA 二级结构的知识对于 RNA 结构建模和理解其功能机制至关重要。因此，已经开发了许多实验方法来通过使用一维或多维探针来推断配对碱基，例如酶、化学物质、突变和与下一代测序相结合的交联技术23。然而，单碱基对分辨率下的精确碱基配对信息仍然需要通过 X 射线晶体学、核磁共振 (NMR) 或低温电子显微镜确定高分辨率、三维 RNA 结构。

2024-07-15 23:27:19 912

原创基于卷积神经网络和动态规划的RNA二级结构预测新方法-CDPfold

RNA是生物体中重要的基本物质。它在基因的编码、解码、调节和表达方面发挥着重要作用。RNA在生物体中的功能主要取决于其三级结构。然而，RNA分子的三级结构非常复杂，缺乏有效的表征方法；因此，从RNA分子的一级结构直接预测三级结构是非常困难的。因此，从RNA的一级结构预测RNA的二级结构成为研究RNA结构的主要过程。目前，鉴定的RNA二级结构主要通过X射线衍射、核磁共振等生物实验手段获得。然而，在大规模测量结构时，生物实验方法效率低下、昂贵且艰巨（Novikova et al., 2012）；

2024-07-15 15:15:16 959

原创 REDfold：使用残差编码器-解码器网络进行准确的 RNA 二级结构预测

由于RNA二级结构与其稳定性和功能高度相关，因此结构预测对于生物学研究具有重要价值。传统的RNA二次预测的计算预测主要是基于热力学模型通过动态规划寻找最优结构。然而，基于传统方法的预测性能并不能令人满意，有待进一步研究。此外，使用动态规划进行结构预测的计算复杂度为 𝑂(𝑁3)；对于带有假结的RNA结构，它变成 𝑂(𝑁6) ，这对于大规模分析来说在计算上是不切实际的。

2024-07-14 23:18:11 882

原创训练停止利用已经训练好的模型参数文件继续训练或者实现微调

例如从20个eopch停止训练的话，已经保存了前20个的训练参数，那么只需要执行下面的代码加载第20个epoch的训练参数就可以实现继续训练或者在当前训练集的基础上补充别的训练集进行微调提高模型泛化能力。

2024-07-09 21:28:04 157

原创 TransUFold：用假结解锁短和长 RNA 的结构复杂性

RNA 在将遗传信息从 DNA 转移到蛋白质的过程中发挥着关键作用 [1]，但它还具有其他功能，例如酶活性 [2] 和细胞调节 [3]。要了解RNA的功能，获得其结构至关重要。RNA结构可分为三级：一级、二级和三级。由于涉及多种因素，预测三级结构具有挑战性[4]。X 射线晶体学 [5] 和 NMR [6] 等实验方法既耗时又昂贵。因此，准确预测RNA二级结构至关重要。为了满足高通量数据的需求[7]，RNA二级结构预测的计算方法被创建。有望通过RNA的一级结构来预测更高阶的RNA二级结构。

2024-07-08 12:19:17 921

原创 RNA二级结构预测--MXFold2

近年来的研究表明，功能性非编码RNA（ncRNA）在转录调控和指导修饰等方面发挥着重要作用，参与从发育到细胞分化等多种生物过程，其功能缺陷与多种疾病有关1.众所周知，ncRNA 的功能与其结构而非一级序列密切相关，因此发现 ncRNA 的结构可以阐明 ncRNA 的功能。然而，由于实验成本高且RNA测量的分辨率限制，通过核磁共振和X射线晶体结构分析等实验测定来确定RNA三级结构存在很大困难。尽管近年来冷冻电镜研究在RNA三级结构测定方面取得了相当大的进展2，但这些局限性尚未完全克服。

2024-07-06 12:15:37 838