VARNAP:RNA可视化小程序使用方法

1.添加静态注释
快捷键：Ctrl+Shift+H
创建和编辑静态文本注释。如果注释的位置不依赖于任何碱基的位置，则注释被称为静态的。可以使用鼠标选择和移动静态注释。

2.添加基本文字注释
快捷方式：
弹出菜单： 编辑>注释>新建>基础
创建和编辑锚定在最靠近底座一侧并在其上显示的文本注释。

3.添加化学探测注释
快捷键：
弹出菜单： Edit>Annotations>New>Chem. Prob.
创建和编辑化学探针类型注释，以最接近的几个碱基为目标。

4.添加螺旋文字注释
快捷键：
弹出菜单： 编辑>注释>新建>螺旋线
创建和编辑锚定在最近螺旋上并在其上显示的文本注释。

5.添加循环文本注释
快捷键：
弹出菜单： 编辑>注释>新建>循环
创建和编辑文本注释，锚定并显示在最近的循环上。

6.添加区域高亮注释
快捷键
弹出菜单： 编辑>注释>新建>区域
根据当前选区内最大的连续碱基序列（如果选区为空，则为最近的碱基）创建和编辑高亮注释。

7.将外部循环对准基线
快捷键 Ctrl+F
弹出菜单 编辑 > 重绘 > 扁平外部循环
在辐射绘图模式下，重绘整个结构，将外部环路（又称 “悬垂端”）上的基线对齐。

8.自动注释螺旋
快捷键 Ctrl+Q
弹出菜单 编辑>注释>自动螺旋
用唯一的 “Hn ”标签标注 RNA 中的每个螺旋。

9.自动注释内部循环
快捷键 Alt+Shift+Q
弹出菜单 编辑>注释>自动内部循环
用唯一的 “In ”标签标注 RNA 的每个内部循环。

10.自动注释终端循环
快捷键 Ctrl+Shift+Q
弹出菜单 编辑>注释>自动终端循环
用唯一的 “Tn ”标签标注 RNA 的每个末端循环。

11.选择主干颜色
快捷键：Ctrl+K
弹出菜单：显示 > RNA 样式 > 主干颜色
让用户选择自定义颜色来渲染 RNA 的磷酸糖主链（又名骨架）。

12.选择背景颜色
快捷键 Ctrl+G
弹出菜单 显示>其他>背景颜色
非 “可修改 ”时启用？是
定义此面板内使用的背景颜色。

13.选择非标底座定制颜色
快捷键：Ctrl+Shift+J
弹出菜单：显示 > RNA 样式 > 非标准碱基 > 颜色
不可“修改”时启用？是的
定义并使用特殊颜色来渲染非标准基础（除 A、C、G 或 U 之外的任何颜色）

14.选择标题颜色
快捷键：Ctrl+Alt+T
弹出菜单：显示>杂项>标题>颜色
不可“修改”时启用？不
选择用于渲染面板标题的颜色。

15.自定义边框大小
快捷键：Ctrl+B
弹出菜单：显示>视图>边框大小
不可“修改”时启用？是的
设置面板边界的宽度和高度，即面板边界与用于绘制 RNA 的表面边界之间的间隙。

16.自定义颜色（全部）
快捷键 Alt+U
弹出菜单 编辑>颜色>按位置
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
让用户为每个基底选择自定义颜色（内层、外层、标签......），按基底编号选择。

17.自定义颜色（按基础类型）
快捷键 Ctrl+U
弹出菜单： 编辑>颜色>按基本类型
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
允许用户为每种基底选择自定义颜色（内层、外层、标签......）。这样，用户就可以通过一次操作设置一系列基底的颜色。

18.自定义颜色（按碱基对）
快捷键：Shift+U
弹出菜单：编辑>颜色>按 BP
不可“修改”时启用？不
让用户为每种类型的碱基对选择自定义颜色（内部、外部、标签...）。然后，可以通过一次操作设置一堆碱基的颜色。

19.定义“间隙”基色
快捷键：Ctrl+Shift+D
弹出菜单：显示 > RNA 样式 >“间隙”碱基 > 颜色
不可“修改”时启用？不
定义并使用特殊颜色在比较模式下绘制“间隙”碱基。 “间隙”碱基对应于结构之一中的插入/删除。

20.从列表中编辑注释
快捷方式：
弹出菜单： 编辑>注释>从列表编辑...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
生成完整的注释列表，以便快速编辑所有文本注释。

21.编辑/注释 RNA 的所有碱基
快捷键
弹出菜单： 编辑>选择>全部
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
弹出一个菜单，允许同时自定义选定基点和所有终端循环之间的所有基点。可用选项与单碱基完全相同，并同时应用于循环中的所有碱基，但注释除外，该选项不可用。

22.编辑/注释最接近螺旋的所有碱基
快捷键：
弹出菜单： 编辑>选择>螺旋
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
弹出一个菜单，允许自定义如何渲染包含所选碱基对的螺旋中的所有碱基。可用选项与单碱基完全相同，并同时应用于环路中的所有碱基，注释除外。如果是注释，文字只会在螺旋中涉及的碱基的轴心处显示一次。

23.编辑/注释最近循环的所有碱基
捷径：
弹出菜单：编辑>选择>循环
不可“修改”时启用？不
弹出一个菜单，允许自定义如何渲染包含所选碱基的循环中涉及的所有碱基。可用选项与单个碱基完全相同，并且立即应用于循环中的所有碱基。如果所选碱基涉及碱基对，则用户想要将修改应用到哪个循环就存在模糊性。在这种情况下，两个选项“前向循环”/“后向循环”取代了经典的“循环”，“后向循环”最接近 5'/3' 悬空端。在注释的情况下，文本仅在循环中涉及的碱基的重心上显示一次。

24.编辑/注释最近茎的所有碱基
捷径：
弹出菜单：编辑>选择>茎
不可“修改”时启用？不
弹出一个菜单，允许同时自定义所选碱基和所有终端循环之间包含的所有碱基。可用选项与单个碱基完全相同，并且一次应用于循环中的所有碱基，但对此选择不可用的注释除外。

25.编辑/注释最近的未配对区域/凸起的所有碱基
捷径：
弹出菜单：编辑>选择>凸出
不可“修改”时启用？不
弹出一个菜单，允许自定义如何呈现与所选碱基对相邻的所有未配对碱基。可用选项与单个碱基完全相同，并且一次应用于循环中的所有碱基，不可用的注释除外。

26.编辑/注释最接近的碱基对的两个碱基
捷径：
弹出菜单：编辑>选择>碱基对
不可“修改”时启用？不
弹出一个菜单，允许自定义如何渲染最近的碱基对中涉及的两个碱基。可用选项与单碱基减去文本注释完全相同。

27.编辑/注释最接近的基数
快捷方式：
弹出菜单： 编辑>选择>基地
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
弹出一个子菜单，允许自定义单个基底的渲染方式。更具体地说，可以
设置碱基内容（氨基酸）
更改用于填充该基底的颜色
更改轮廓颜色
更改标题颜色
如果涉及碱基对，则更改碱基对的颜色/厚度
更改基号颜色
添加/编辑/删除该碱基的文本注释。
注：对于单碱基，注释将绘制在碱基的侧面，使用的方法与碱基编号类似。

28.编辑/注释当前选择
快捷键：
弹出菜单： 编辑>选择>当前
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
弹出一个子菜单，允许自定义选定基底的渲染方式。

29.导出图片
快捷键 Ctrl+X
弹出菜单 文件>导出
非 “可修改 ”时启用？是
以支持的格式之一导出 RNA 的当前图像。自 3.1 版起，已支持封装后脚本 (EPS)、可缩放矢量图形 (SVG)、XFIG、便携式网络图形 (PNG) 和 JPEG 格式的导出。某些格式可能需要额外的参数，如质量和/或分辨率（基于像素的图形）。

30.了解有关 VARNA 的更多信息
快捷键 Ctrl+A
弹出菜单 关于
非 “可修改 ”时启用？启用
弹出对话框，显示当前版本、许可证状态、当前贡献者和资助机构。

31.手动输入 RNA
快捷键 Ctrl+N
弹出菜单 文件>新建...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
允许用户使用点括号符号手动输入 RNA 结构/序列。然后使用当前算法/设置渲染该结构。

32.打开新文件
快捷键 Ctrl+O
弹出菜单 文件>打开...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
打开包含 RNA 描述的文件。文件内容与支持输入的四种文件格式（Vienna、CT、BPSeq 和 RNAML）相匹配，并使用当前设置和算法绘制 RNA。

33.从文件中读取颜色映射值
快捷键 Ctrl+Shift+K
弹出菜单： 显示>颜色贴图>加载值...
不可 “修改 ”时是否启用？不启用
从外部文件/URL 加载值列表。

34.在圆形模式下重绘
快捷键 Ctrl+2
弹出菜单 编辑>重绘>算法>圆形
非 “可修改 ”时启用？不启用
使用圆形 “费曼图 ”重绘当前 RNA 二级结构。

35.在线性模式下重绘
快捷键 Ctrl+1
弹出菜单 编辑>重绘>算法>线性
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
使用线性表示法重绘当前 RNA 二级结构。

36.在 NAView 模式下重绘
快捷键 Ctrl+4
弹出菜单 编辑>重绘>算法>NAView
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
使用 NAView 算法以平面表示法重绘当前 RNA 二级结构。

37.在辐射模式下重绘
快捷键 Ctrl+3
弹出菜单 编辑>重绘>算法>辐射
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
使用 “辐射 ”平面表示法重绘当前 RNA 二级结构。使用鼠标可以旋转螺旋，以达到美观的目的。

38.从列表中删除注释
快捷方式：
弹出菜单： 编辑>注释>从列表中删除...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
生成完整的注释列表，可快速删除大量注释。

39.重置绘图
快捷键 Ctrl+Shift+R
弹出菜单 编辑>重绘>重置
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
让用户取消自初始绘制以来对结构所做的任何更改。

40.旋转 RNA
快捷键 Ctrl+R
弹出菜单 显示>查看>旋转...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
旋转一定角度增量的整个 RNA。(不旋转标题）

41.保存 RNA 结构
快捷键 Ctrl+S
弹出菜单 文件>保存...
非 “可修改 ”时是否启用？是
使用支持的格式之一保存显示的 RNA 二级结构（自 3.1 版起：Vienna DBN、connect CT 和 CRW BPSeq）。

42.选择标题字体大小
快捷键 Ctrl+Shift+T
弹出菜单： 显示>其他>标题>字体
非 “可修改 ”时启用？不启用
让用户选择用于显示标题的字体系列、样式和大小。

43.在线性模式下设置 BP 增量
快捷键 Ctrl+H
弹出菜单 编辑>重绘>BP 高度递增
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
在线性绘图模式下，定义用于分隔两个连续嵌套基对的垂直增量。

44.设置基对显示样式
快捷键 Ctrl+Shift+P
弹出菜单： 显示>RNA 样式>碱基对>碱基对样式...
非 “可修改 ”时是否启用？启用
让用户选择自己喜欢的碱基对渲染样式，可从以下几种样式中选择：
无（none），不绘制碱基对，但可以从 “梯子”（即螺旋结构）中隐含地看到碱基对
线（Line），使用一条简单的线来绘制任何碱基对，无论其类型如何
rnaviz：在两个碱基对的等距离处画一个小方块。
lw（Leontis/Westhof），根据 Leontis/Westhof 命名法绘制规范和非规范碱基对。

45.设置颜色地图标题
快捷键 Ctrl+Shift+C
弹出菜单 显示>颜色贴图>标题
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
设置当前颜色贴图的标题。将标题设置为空字符串可隐藏颜色贴图标题（即标题不使用空格）。

46.设置彩图调色板
快捷键 Ctrl+L
弹出菜单 显示>色彩贴图>样式...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
设置在绘制色彩贴图时使用的色彩贴图调色板。可以选择预定义调色板或定义自定义调色板。预定义的调色板有 “红色“、”蓝色“、”绿色“、”热量“、”能量 “和 ”黑白"。自定义调色板定义为一个以分号分隔的（值/rgb 颜色）偶数序列（例如，“0:#000000;1:#FFFFFFF ”表示黑白颜色映射）。这些颜色是通过对每个 RGB 分量进行线性插值，从一组数值中获得的。例如，从黑色（＃000000）到灰色（＃8080）的自定义映射 “0:＃000000;1:＃808080 ”将为基值 “0.5 ”分配深灰色（＃404040）。此外，颜色贴图的范围会自动缩放以匹配基值的范围，因此无需手动调整范围。

47.设置颜色贴图值
快捷键 Shift+L
弹出菜单： 显示>色彩贴图>编辑值...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
为 RNA 的碱基分配一系列实际值，用于渲染颜色贴图。这些值按从 5'到 3'的顺序依次分配。如果列表比碱基列表短，其余碱基将不受影响。每个碱基的默认值为 0.0。

48.设置基点间距系数
快捷键 Ctrl+Shift+S
弹出菜单 编辑 > 重绘 > 基底间距
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
让用户定义碱基间距离的乘数。由于小程序会根据 RNA 边框的尺寸调整缩放系数，因此该选项可能会被误认为是增加了底座半径。

49.设置编号周期
快捷键 Ctrl+M
弹出菜单： 显示>其他>编号周期
非 “可修改 ”时启用？是
设置两个连续碱基编号之间的间隔。更具体地说，如果 k 是周期，则对 RNA 的第一个和最后一个碱基进行编号，同时对编号是 k 的倍数的每个碱基进行编号。在此操作中使用的是碱基编号，而不是碱基索引，如果 RNA 中缺少碱基，碱基索引可能会不同。

50.设置标题
快捷键 Ctrl+T
弹出菜单： 显示>其他>标题>设置标题...
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
让用户键入一个新标题，显示在面板底部。

51.设置缩放级别
快捷键 Ctrl+Z
弹出菜单 显示>查看>缩放
非 “可修改 ”时启用？是
定义用于显示此面板内 RNA 的缩放级别和缩放增量。对于大于 1 的缩放级别，可使用箭头或鼠标（中键或同时使用两个键）滚动可见部分。

52.切换彩色地图视图
快捷键 Ctrl+Shift+L
弹出菜单 显示>颜色贴图>显示颜色贴图
非 “可修改 ”时启用？不启用
设置当前颜色贴图的标题。将标题设置为空字符串可隐藏颜色贴图标题（即标题不使用空格）。

53.切换非规范碱基对显示
快捷键 Ctrl+W
弹出菜单 显示>RNA 样式>碱基对>显示非规范碱基对
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
打开/关闭非规范碱基对的显示。

54.切换非平面部分（伪点）显示
快捷键 Ctrl+E
弹出菜单 显示>RNA 样式>碱基对>隐藏三级碱基对
非 “可修改 ”时是否启用？不启用
切换显示/关闭 “非平面 ”碱基对，即假节。由于伪节点部分没有统一的定义，因此会从输入结构中提取一个最大平面子集，定义为平面部分，并用作绘制算法的支架。剩余的碱基对既可以显示，也可以不显示。

55.切换开启/关闭非标准底座的自定义颜色
快捷键 Ctrl+J
弹出菜单 显示>RNA 样式>非标准碱基>自定义颜色
非 “可修改 ”时启用？启用
切换是否使用自定义颜色显示非标准碱基对（除 A、C、G 或 U 以外的任何碱基对）。

56.切换显示/隐藏基底轮廓和填充（以前称为 “Gaspin/Gautheret ”模式）
快捷键 Alt+G
弹出菜单： 显示>RNA 样式>非标准基底>切换绘制基底
非 “可修改 ”时是否启用？是
切换基点周围圆圈显示的开/关（即类似于 “维也纳风格”）。感谢 Christine Gaspin 和 Daniel Gautheret 提出这一受欢迎的功能。

57.为 “间隙 ”切换使用自定义颜色
快捷键 Ctrl+D
弹出菜单： 显示>RNA 样式>“间隙 ”基色>自定义颜色
不可 “修改 ”时启用？启用
切换在比较模式下使用特殊颜色绘制 “间隙 ”碱基的开关。

58.放大
快捷键 +
弹出菜单：
非 “可修改 ”时启用？是
放大当前绘制的 RNA 的中心点

59.缩小
快捷键： -
弹出菜单：
非 “可修改 ”时启用？是
缩小当前绘制的 RNA 的中心点