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RSS订阅原创 排序函数-R语言系列
排序函数-R语言系列[外链图片转存失败(img-hwKDQt36-1562036059257)(https://statistical-programming.com/wp-content/uploads/2019/05/figure-1-sort-order-rank-r-function-explained.png)]R语言中内置了相关函数，能够快速的进行排序相关的操作，主要相关函数有ra...
2019-07-02 10:55:20
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原创 blast 错误
在新环境中调用blastp出现错误blastp: error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory找不到libssl.so.1.0.0的正确位置，首先，利用locate libssl.so.1.0.0/home/pat...
2019-04-30 10:14:48
2510
原创 python3错误 module 'enum' has no attribute 'IntFlag'
在全新的环境中安装jupyter时出现错误：AttributeError: module 'enum' has no attribute 'IntFlag'，错误详情如下==> script messages <==Traceback (most recent call last): File "/home/path/to/miniconda2/envs/py3/bin/jup...
2019-04-30 10:06:52
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原创 kraken建库错误
kraken 出现错误运行命令kraken-build --standard --threads 24 --db MY_KRAKEN_DATABASE，返回错误：Found jellyfish v1.1.12--2019-04-26 16:43:23-- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/nucl_est.acc...
2019-04-26 17:36:37
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原创 R读取xlsx文件
目前发现R中最方便的excel文件读取方法为readxl包，首先按照R包： install.packages(‘readxl’, repos = ‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN‘) install.packages(‘rlang’, repos = ‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRA...
2018-02-09 10:28:55
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原创 R 更换package安装源
有时候利用R安装R包，出现错误：Warning in install.packages : unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib: cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'Warnin...
2018-02-09 10:19:44
16643
原创 cytoscape 3.6 启动报错
安装Cytoscape 3.6之后无法启动，出现错误：error:The jvm could not be started.The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution.使用百度的方案，结果没有解决问题：修改Cy
2018-02-07 08:59:44
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原创 python 模板
1 #!/usr/bin/env python 2 3 import argparse 4 5 argp = argparse.ArgumentParser(prog='extract_region', description='Extract rs region from reference index genome') 6 7 argp.add_argument('
2017-09-01 13:57:59
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原创 sublime 中文乱码与替换变量
1. 中文乱码sublime中文乱码是因为遇到GBK编码的汉字无法识别，只需要安装ConvertToUTF8包就能解决这个问题。参考：http://jingyan.baidu.com/article/fc07f98972ee0a12fee51943.html2. 替换变量sublime中进行复杂的替换时，有可能需要把匹配到的部分去除，此时可以使用()，然后利用${n}代表，例如： CBFX([0
2017-08-31 09:31:30
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原创 windows10 安装pip biopython
@Date: 2017-08-29 09:37:52安装pip安装biopython参考文献1. 安装pip如果环境变量中没有python请自行安装，从官网下载源文件，下载地址为pip,下载压缩文件pip-9.0.1.tar.gz。解压缩后利用CMD环境进入该文件夹，运行命令python setup.py install完成pip安装。 不过此时并不能运行pip，需要修改环境变量，把python
2017-08-29 09:47:53
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原创 ggplot2颜色设置
@Date: 2017-08-22 10:09:44手动指定颜色及顺序改变颜色的透明度直接改变调色板其它颜色及调色板相关信息默认调色板参考文献利用R语言画图时经常用到不同的颜色，如何手动设置不同的颜色呢并且指定颜色顺序呢？一般自动颜色都是利用fill或者color参数指定，这种时候需要改变fill或者color调用的调色板，主要方法有以下两种。1. 手动指定颜色及顺序ggplot2涉及到
2017-08-22 10:29:34
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原创 利用R整合数据
利用R语言进行处理时，经常需要进行数据的整理与重新整合，最简单的处理如转置t()与排序等。下面介绍的是利用R中的reshape2包进行重新整合，主要设计到两个函数。melt()函数主要是用来把一个矩阵转化为data.frame，方便后续画图或检验。cast()函数主要用来进行整合，按照formula把数据整合成需要的表格并且还可以在整合的同时对数据进行初步的计算或分析（mean、sum、sd、df）
2017-08-21 11:19:14
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原创 conda配置与使用
conda 下载安装conda的配置与使用1 conda的配置2 更改conda为国内源3 新建python环境并激活4 安装删除环境中指定的包41 安装第三方包42 删除5 彻底删除环境6 环境导出与导入61 导出环境62 创建环境7 更新环境1. conda 下载安装可以从国内清华源下载anaconda，下载地址为https://mirrors.tuna.tsinghu
2017-08-18 16:15:25
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原创 pip install错误
用pip安装python模块superset出现错误: error: command 'gcc' failed with exit status 1 ---------------------------------------- Failed building wheel for sasl错误原因应该是缺少某些sasl相关功能模块，centos下利用以下命令安装：sudo yum in
2017-08-18 15:28:45
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原创 pip更换国内源
使用pip install时，默认的源速度太慢，经过测试中科大和清华的源速度比较快，源地址如下：https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/使用方法为pip install package -i url，例如：pip install superset -i https://pypi
2017-08-18 14:25:08
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原创 R查找某一元素位置
如果要查找某元素在向量中的下标，可以用函数which实现，例如：> a <- 1:10> a [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10> which(a == 5)[1] 5
2017-08-17 10:04:15
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原创 pip install superset 出现 No package 'libffi' found 错误
利用pip安装superset模块时出现错误No package 'libffi' found，检查后发现是因为缺少libffi库文件，利用以下命令安装，解决问题：sudo yum install libffi-devel
2017-08-16 22:10:07
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原创 sublime与python运行环境
sublime的配置python运行python调试sublime的配置sublime安装完成后需要经过初步配置，我的sublime的配置请参考sublime设置与Evernote。python运行如果已经保存为后缀名为py文件，那么sublime会自动识别为python脚本。利用按键ctrl + b直接运行。python调试通过Package Control安装SublimeREPL插件，通过
2017-07-31 20:15:36
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原创 R语言实现常用多重比较方法
最小显著差数检验法LSD法Tukey氏固定差距检验法Tukey HSD在单因素方差分析ANOVA中，如果该因素影响比较显著，那么需要进一步利用多重比较方法比较该因素不同水平的影响，确定不同水平下该因素的影响是否显著。常见的多重比较方法主要有两种，LSD法和Tukey HSD法。下面对R语言中，这两种多重比较方法的实现进行举例。前期数据如下，影响因素为group，指标为value：> head(ta
2017-07-31 13:19:47
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原创 曼-惠特尼U检验与威尔科克森符号秩检验
MannWhitney U-test 曼-惠特尼U检验曼-惠特尼U检验定义曼-惠特尼U检验实现Wilcoxon rank-sum test威尔科克森符号秩检验威尔科克森符号秩检验威尔科克森符号秩检验实现参考曼-惠特尼U检验与威尔科克森符号秩检验是最常用的两独立样本非参数检验方法，无需对总体分布做出假定，可以用来比较两组分布未知的样品差异。Mann–Whitney U-test （曼-惠特
2017-07-29 17:58:35
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原创 python列表的快速生成
range 函数重复列表range 函数如果是有规则的列表，可以用range函数生成：range(5)#[0, 1, 2, 3, 4]range(1,5)#[1, 2, 3, 4]range(1,10,2)#[1, 3, 5, 7, 9]range(10,1,-2)#[10, 8, 6, 4, 2]重复列表如果需要生成重复某个数n次的列表，可以使用：[0*x for x in ra
2017-07-28 22:28:16
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原创 python参数传递问题（参数传出）
变量对象与类型关系函数不可更改参数传递可更改参数传递变量、对象与类型关系python是动态类型语言，并不需要预先声明变量类型，变量的类型和值在赋值的那一刻完成初始化。进一步说，python中的类型是属于对象的，而不是变量。 例如：a=2b=[1,2]分别表示把一个int对象2，赋值给a；把一个list对象[1,2]赋值给b。也就是说在将不同类型的python对象通过赋值号赋给某一个变量时，
2017-07-28 21:02:34
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原创 vim 自动补全 pydiction配置
开启pydiction插件添加自动补全内容开启pydiction插件具体的pydiction安装方法请参考README文件，我使用vundle管理所有的vim插件并同步到git平台，方便管理与迁移，安装好pydiction后需要在.vimrc文件中打开插件，方法如下：filetype plugin onlet g:pydiction_location = '~/.vim/bundle/pydic
2017-07-28 16:49:12
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原创 sublime设置与Evernote
@Date: 2016-09-03 16:37:50content [toc]sublime 是非常好用的编辑器，而Evernote是我经常用的笔记软件，如果能把二者结合将会十分完美。网上一搜索，果然可以，而且是用我最喜欢的mardown语法写笔记并且直接提交，因此马上使用该方法，特此记录如下：sublime配置在使用sublime之前需要进行一系列的配置，配置方法如下：安装包管理插件使用快捷
2017-07-28 11:42:29
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原创 重量单位fg含义
roughly 1 fg per megabase of genome size今天看文章出现单位fg，不解其意，搜索摘录如下：1 g = 1000 mg1 mg = 1000 ug1 ug = 1000 ng1 ng = 1000 pg1 pg = 1000 fg因此有： ** 1 fg = 10 -15 g
2017-07-26 09:50:43
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2017-07-26 09:33:18
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