python
常玉俊bioinfo
一名数据分析人员,需要不停的总结积累。合抱之木,生于毫末;九层之台,起于垒土;千里之行,始于足下。
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sublime与python运行环境
sublime的配置python运行python调试sublime的配置sublime安装完成后需要经过初步配置,我的sublime的配置请参考sublime设置与Evernote。python运行如果已经保存为后缀名为py文件,那么sublime会自动识别为python脚本。利用按键ctrl + b直接运行。python调试通过Package Control安装SublimeREPL插件,通过原创 2017-07-31 20:15:36 · 538 阅读 · 0 评论 -
python 模板
1 #!/usr/bin/env python 2 3 import argparse 4 5 argp = argparse.ArgumentParser(prog='extract_region', description='Extract rs region from reference index genome') 6 7 argp.add_argument('原创 2017-09-01 13:57:59 · 348 阅读 · 0 评论 -
windows10 安装pip biopython
@Date: 2017-08-29 09:37:52安装pip安装biopython参考文献1. 安装pip如果环境变量中没有python请自行安装,从官网下载源文件,下载地址为pip,下载压缩文件pip-9.0.1.tar.gz。解压缩后利用CMD环境进入该文件夹,运行命令python setup.py install完成pip安装。 不过此时并不能运行pip,需要修改环境变量,把python原创 2017-08-29 09:47:53 · 2252 阅读 · 0 评论 -
python列表的快速生成
range 函数重复列表range 函数如果是有规则的列表,可以用range函数生成:range(5)#[0, 1, 2, 3, 4]range(1,5)#[1, 2, 3, 4]range(1,10,2)#[1, 3, 5, 7, 9]range(10,1,-2)#[10, 8, 6, 4, 2]重复列表如果需要生成重复某个数n次的列表,可以使用:[0*x for x in ra原创 2017-07-28 22:28:16 · 7236 阅读 · 5 评论 -
python参数传递问题(参数传出)
变量对象与类型关系函数不可更改参数传递可更改参数传递变量、对象与类型关系python是动态类型语言,并不需要预先声明变量类型,变量的类型和值在赋值的那一刻完成初始化。进一步说,python中的类型是属于对象的,而不是变量。 例如:a=2b=[1,2]分别表示把一个int对象2,赋值给a;把一个list对象[1,2]赋值给b。也就是说在将不同类型的python对象通过赋值号赋给某一个变量时,原创 2017-07-28 21:02:34 · 12720 阅读 · 0 评论 -
conda配置与使用
conda 下载安装conda的配置与使用1 conda的配置2 更改conda为国内源3 新建python环境并激活4 安装删除环境中指定的包41 安装第三方包42 删除5 彻底删除环境6 环境导出与导入61 导出环境62 创建环境7 更新环境1. conda 下载安装可以从国内清华源下载anaconda,下载地址为https://mirrors.tuna.tsinghu原创 2017-08-18 16:15:25 · 11434 阅读 · 6 评论 -
pip install错误
用pip安装python模块superset出现错误: error: command 'gcc' failed with exit status 1 ---------------------------------------- Failed building wheel for sasl错误原因应该是缺少某些sasl相关功能模块,centos下利用以下命令安装:sudo yum in原创 2017-08-18 15:28:45 · 760 阅读 · 0 评论 -
pip更换国内源
使用pip install时,默认的源速度太慢,经过测试中科大和清华的源速度比较快,源地址如下:https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/使用方法为pip install package -i url,例如:pip install superset -i https://pypi原创 2017-08-18 14:25:08 · 1774 阅读 · 0 评论 -
pip install superset 出现 No package 'libffi' found 错误
利用pip安装superset模块时出现错误No package 'libffi' found,检查后发现是因为缺少libffi库文件,利用以下命令安装,解决问题:sudo yum install libffi-devel原创 2017-08-16 22:10:07 · 1302 阅读 · 0 评论 -
python3错误 module 'enum' has no attribute 'IntFlag'
在全新的环境中安装jupyter时出现错误:AttributeError: module 'enum' has no attribute 'IntFlag',错误详情如下==> script messages <==Traceback (most recent call last): File "/home/path/to/miniconda2/envs/py3/bin/jup...原创 2019-04-30 10:06:52 · 11930 阅读 · 2 评论