国产ARM aarch64 v8架构安装namd-3.0b6

说明：

• NAMD是设计用于大型生物分子系统的高性能模拟软件，文章的安装方法是源码编译，主要是为了在大规模HPC集群上能够实现跨节点使用，以大幅提升计算效率。
• NAMD官方提供了各种预编译的二进制版本，如果你的系统不涉及跨节点的多核并行，那可以直接下载相应二进制版本使用，该文章对你的帮助或许不大。
• namd-3.0已经支持arm架构编译，而namd-2.14在arm架构下需要自己修改文件，如果需要编译namd-2.14，请参考另一篇博客。

下面开始编译正文：

1. 编译环境

module purge
module load GCC/11.1.0
module load mpich/4.1.2-ch4-gcc11.1.0
module load fftw/3.3.7-gcc11.1.0-sve

2. 源码包下载

下载地址：https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD

wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/3.0b6/download/120834/NAMD_3.0b6_Source.tar.gz
tar xzf NAMD_3.0b6_Source.tar.gz
cd NAMD_3.0b6_Source

3. charm-7.0.0安装

tar xf charm-7.0.0.tar
cd charm-v7.0.0
./build charm++ mpi-linux-arm8 --with-production --with-numa -j16
# 测试
cd mpi-linux-arm8/tests/charm++/megatest/
make all -j16
## 这里使用slurm系统运行作业，如果你的系统没有，可用mpirun -np <n-proc> ./megatest
srun -p <partition> -n 16 ./megatest
cd ../../../../..

4. 配置fftw和tcl

在下载地址下载架构对应版本的fftw和tcl，arm64架构可点击下面链接直接下载。

• fftw
• tcl8.5.9
• tcl8.5.9-pthreads

# fftw和tcl-pthreads源码包下载到NAMD_2.14_Source目录解压
tar xzf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz 
mv tcl8.5.9-linux-arm64-threaded tcl
# 修改ARCH变量
sed -i "s/multicore-arm8-gcc/mpi-linux-arm8/" arch/Linux-ARM64-g++.arch

（可选）fftw路径指定（tcl同）

• 若使用下载的fftw，解压后重命名为fftw：

  tar xzf fftw-linux-arm64.tar.gz
  mv fftw-linux-arm64 fftw
  

• 若使用已经安装好的fftw，在config时用--fftw-prefix指定路径：

  --fftw-prefix /path/to/fftw/
  

5. 编译NAMD

./config Linux-ARM64-g++ --charm-arch mpi-linux-arm8 --with-fftw3 --fftw-prefix /path/to/fftw/ --with-tcl
time make -j16 -C Linux-ARM64-g++ >& log

可查看Linux-ARM64-g++目录下是否出现namd3的可执行文件，如果有说明编译通过。

6. 测试

NAMD官网提供了不同规模的测试算例，可自行下载解压，在算例目录使用以下脚本sbatch提交任务。

#!/bin/bash
#SBATCH -p <partition>
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 56

module purge
module load GCC/11.1.0
module load mpich/4.1.2-ch4-gcc11.1.0
module load fftw/3.3.7-gcc11.1.0-sve
export PATH=$HOME/software/NAMD_3.0b6_Source/Linux-ARM64-g++:$PATH

srun namd3