Python 化学教程之设计可互操作的化学知识图谱

化学知识图谱是化学信息学的主要内容，是化学分析和寻找感兴趣的分子化合物的重要数据源。我创建了一个开源化学知识图谱，其中仅包含被称为Global-Chem的人们选出的最常见的感兴趣的化学物质。

数据最初组织在类别树中，整体看起来如图 1 所示：

我想做的一件事是将关系数据库模型转移到图形模型中。原因是化学品非常挑剔，随着我们的发展，它们的关系经常发生变化，这在我自己的软件中很明显。

• 关系数据库处理预定义的固定关系和很多关系。想想如果你想模拟现实生活，像自动售货机这样的东西就是一张桌子，所有属于（关系）售卖的自动售货机内的物品。
• 图数据库处理没有定义表结构的每个节点之间的关系。对于自动售货机，每个项目都有自己的表，其中与机器的关系将单独定义。
  查看图 2，您可以在其中看到每个模型的层次结构，其中关系数据库具有可最大限度提高效率的预定义关系。

生成化学知识图谱的第一步是在我的图中将每个点定义为一个节点，其中每个学术资源和它们所属的类别都是一个节点。他们的关系仍然没有重量，这是边缘价值。

Global-Chem 中节点之间的关系存储为父/子网络。节点的数据结构animal如下所示：

 'animals' : { 'children' : [ &