Ubuntu18 安装openbabel 并绑定python3

1 下载源文件

wget https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/openbabel-2.4.1.tar.gz

2 安装依赖

2.1 安装boost

sudo apt install libboost-dev

2.2 安装 gcc/g++/make/cmake

这里的gcc/g++版本最好使用Ubuntu18自带的7版本，本人原先使用6版本出现了error。

sudo apt install gcc g++ make cmake

2.2 安装依赖库

sudo apt install libxml2-dev zlib1g-dev libcairo2-dev libeigen3-dev libopenbabel-dev

2.3 安装python3-dev

sudo apt install python3-dev

3 编译安装

tar -xzvf openbabel-2.4.1.tar.gz 
mkdir build
cd build
cmake ../../openbabel-2.4.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/softwares/openbabel #指定安装位置 和python绑定 
make
make test
make install

如果要用多线程的话，可以加命令指定，如make -j4 4线程，make -j32 32线程，具体多少线程可以通过gnome-system-monitor命令查看自己的CPU核数。

另外因为安装路径指定了在当前用户目录下，所以不使用sudo命令。

4 环境变量添加

注意上面make install命令的输出，默认的库路径已经变成我们指定的路径了，所以在环境变量添加的时候要注意添加的是我们指定的路径。

gedit ~/.bashrc

#在底部添加以下信息
export PATH=/home/xxx/softwares/openbabel/bin:$PATH #babel可执行文件路径
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/xxx/softwares/openbabel/lib#库路径
export PYTHONPATH=/home/xxx/softwares/openbabel/lib/python3.6/site-packages:$PYTHONPATH   #Python路径添加

source ~/.bashrc

5 测试安装结果

5.1 可执行文件

babel --version

5.2 python 绑定

python
import openbabel

可能会出现问题

ModuleNotFoundError: No module named 'DLFCN'

不要慌，让我们愉快地修改源码吧。
打开openbabel.py,然后做出如下修改

然后重新import openbabel就行了。这里参考自解决方法

【完】