python生信库（opencadd、openbabel）安装与绘图

VIP文章 已于 2022-11-23 19:43:12 修改
阅读量1.3k 收藏 5
点赞数 1
文章标签： python pip conda numpy pandas
于 2022-09-02 21:13:23 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/aiia18/article/details/125049183
版权

以下几个包通过anaconda安装十分方便，如果没有anaconda也可以使用python命令行安装。

openbabel

Linux/unix系统下直接安装：

apt-get install openbabel

opencadd

note:opencadd只适用于mac&Linux,安装代码如下：

​mamba create --channel https://conda.anaconda.org/conda-forge -n opencadd opencadd=1.0.1 

 如果你是直接从官网下载的zip文件：

pip install D:\opencadd-master. zip

 openbabel的python代码示例（官方）：

The openbabel module — Open Babel v2.3.1 documentation

最低0.47元/天 解锁文章
写代码的汤姆猫
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 5
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 3
    评论
python生信处理程序集（DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为 蛋白质，反向序列获取的相关函数等等）
03-23
python生信处理程序集（DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为 蛋白质，反向序列获取的相关函数，DNA-蛋白翻译过程的Python实现，mRNA翻译成蛋白，核苷酸和氨基酸蛋白序列转换的工具，将核酸序列翻译成蛋白质，将核酸序列翻译成蛋白质-2）
Biopython是Python的最大，最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。
05-04
它由Chapman和Chang开发，主要使用Python编写。它还包含C代码，以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows，Linux，Mac OS X等操作系统上运行。 基本上，Biopython是python模块的集合，这些模块提供处理DNA，RNA和蛋白质序列操作的功能，例如DNA字符串的反向互补，寻找蛋白质序列中的基序等。它提供了很多解析器，可以读取所有主要的遗传数据库 如GenBank，SwissPort，FASTA等，以及在python环境中运行其他流行的生物信息学软件/工具(如NCBI BLASTN，Entrez等)的包装程序/接口。它具有兄弟项目，例如：BioPerl，BioJava和BioRuby。 //原文出自【易百教程】，商业转载请联系作者获得授权，非商业请保留原文链接：https://www.yiibai.com/biopython/biopython_introduction.html
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等维度的相关R语言代码
面向生信专业的数据结构与算法，选用Python语言，以理解原理、掌握应用为主
12-26
面向生信专业的数据结构与算法，选用Python语言，以理解原理、掌握应用为主。
AutoDock+Pymol+OpenBabel分子对接软件环境配置安装
ShuHan66612的博客
04-13 3219
windows python3.6 Pymol OpenBabel
openbabel包的安装
简单记录生活、学习
11-16 675
就openbabel3.1.1成功了。
openbabel 安装 & 生成指纹方法
frank_haha的博客
12-01 491
我们可以通过两种途径将 openbabel fingerprint 转换成 1024 维 one-hot 向量。
openbabel 3 以及 python openbabel 安装教程
MrXunの博客
09-01 9466
软件简介 Open Babel 是一个化学工具箱，旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目，允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。 安装环境 OS ：Redhat 6 gcc 4.4.7 （系统默认版本） 安装依赖库 可以先 跳过 该步骤，后续出现对应的问题再来重新安装 swig 4.0.1 （optional） 由于系统自带的 swig 工具版本太低，在安装时没法正确的识别新语法，故这里需要先安装 swig ，如果你执行 swig -versi
openbabel安装及在python上实现文件格式批量转换
qq_44707928的博客
11-15 2047
openbabel安装及在python上实现文件格式批量转换
怎么使用openbabel的pybel？
LRJ的博客
03-19 1936
Pybel 提供了一个简单的 API 用来链接 Open Babel SMARTS pattern 匹配.。使用ob的分子产生相应附加数据的对象（字典），其实用途不大，更常用mol.data。特征返回字典对象，可用来获得和编辑与分子相关的数据 ( 是。特征可获得任何与分子有关的“unit cell”数据(特征提供了分子中所有Atoms的列表。对象，但可当作普通的字典对象）。
Python库 | openbabel-2.4.0-cp35-cp35m-macosx_10_11_x86_64.whl
02-27
python库。 资源全名：openbabel-2.4.0-cp35-cp35m-macosx_10_11_x86_64.whl
pythonpython语言生物信息多组学大数据深度挖掘与论文整理技巧实战
03-01
本次会议我们从生信库中精选一些python代码，进行实际操作演练，包括python语言精髓部分讲解、编写python代码、利用python语言分析生物学数据、利用python语言绘制部分SCI图片。通过本次培训，使学员能够掌握python...
树莓派基本开发
Simon的博客
08-17 4771
连接方式 1、串口 1、打开SD卡根目录的"config.txt"文件，将以下内容添加在最后并且保存。 dtoverlay=pi3-miniuart-bt 这样就停止了蓝牙，解除了对串口的占用。 2、然后再修改根目录的"cmdline.txt"，将里面的内容全部替换成以下内容，以防万一，请先备份好这个文件的原内容。 dwc_otg.lpm_enable=0 console=tty1 console=serial0,115200 root=/dev/mmcblk0p2 rootfstype=ext4 ele
C/C++ Linux系统编程
m0_75034791的博客
11-18 98
Linux常用命令，vim编辑器，GCC，动态链接静态链接，GDB调试器，Makefile，系统调用...
Makefile详解 --- 从入门到精通 (make、cmake、gmake、scons、ninja)
热门推荐
freeking101的博客
06-08 4万+
什么是makefile？或许很多Winodws的程序员都不知道这个东西，因为那些Windows的IDE都为你做了这个工作，但我觉得要作一个好的和professional的程序员，makefile还是要懂。这就好像现在有这么多的HTML的编辑器，但如果你想成为一个专业人士，你还是要了解HTML的标识的含义。特别在Unix下的软件编译，你就不能不自己写makefile了，会不会写makefile，从一个侧面说明了一个人是否具备完成大型工程的能力。因为，makefile关系到了整个工程的编译规则。
科研软件丨OpenBabel 3.1.1安装教程
最新发布
大学生、工作族的软件主库，实用工具、办公软件，科研软件，尽在这里!
04-30 471
Open Babel是一款开源的化学信息学软件，主要用于将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式。
Open Babel下载安装
qq_39889473的博客
07-18 3346
OpenBabel是一个促进化学数据从一种格式到另一种格式的相互转换的项目——包括各种类型的文件格式。简而言之，OpenBabel是Babel化学文件翻译程序的免费开源版本。OpenBabel是一个旨在从Babel中断的地方接手的项目，它是一个跨平台程序和库，旨在在分子建模、计算化学和许多相关领域中使用的许多文件格式之间进行相互转换。OpenBabel包括两个组件，一个命令行实用程序和一个C++库。...
【openbabel+python】openbabel安装及在python上实现文件格式批量转换(poscar转为xyz)
袁家瑜的博客
05-17 9250
使用openbabel实现POSCAR文件批量转换为xyz文件openbabel的安装(Anaconda环境)windowslinux(ubuntu)使用python链接openbabel单份文件格式转换多份文件实现批量格式转换 openbabel的安装(Anaconda环境) 将openbabel安装在windows或者linux均可以借助Anaconda进行安装。 windows 一 ：打开终端(即个人电脑命令行窗口)：win+R 二：输入：cmd 即可调出命令行窗口，在此之前需要先在电脑安装好Anac
python生信练习题
09-09
Python生信练习题是指使用Python语言解决生物信息学问题的练习题。这些练习题通常涉及处理生物信息学数据，如基因序列、蛋白质序列、基因表达数据等。在生物信息学领域，Python是一种常用的编程语言，因为它具有易于学习和使用的特点，并且有很多强大的生物信息学库和工具可供使用。 关于Python生信练习题，引用中的代码是一个示例，指定了一个文件路径，并将其赋值给一个变量。该代码的作用是打开一个名为test.expr的文件，并将文件内容读取到一个变量中供后续处理使用。 引用中的代码是一个示例，用于遍历一个名为test1.fq的文件，并对每一行进行处理。这个代码片段可以用在处理FASTQ文件的情境中，用于读取文件中的每一行内容，并进行相应的处理操作。 引用中的代码是一个示例，用于将读取到的行内容添加到一个字典中。这个代码片段可以用在处理FASTA文件的情境中，用于将文件中的每一行作为字典的值，以一定的规则添加到字典中。 以上是关于Python生信练习题的一些代码示例，可以根据具体的需求和题目要求使用相应的代码进行处理和解答。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值