poj 1080 Human Gene Functions

LCS的变形而已

注意LCS的子串可以是离散的，不必连续，用动态规划

 

设dp[i][j]为取s1第i个字符，s2第j个字符时的最大分值

则决定dp为最优的情况有三种（score[][]为s1[i]和s2[j]两符号的分数）：

1、  s1取第i个字母，s2取“ - ”： dp[i-1][j]+score[ s1[i-1] ]['-'];

2、  s1取“ - ”，s2取第j个字母：dp[i][j-1]+score['-'][ s2[j-1] ];

3、  s1取第i个字母，s2取第j个字母：dp[i-1][j-1]+score[ s1[i-1] ][ s2[j-1] ];

 c[i][j]=max{c[i-1][j-1]+mat(a[i],b[j]),c[i][j-1]+mat('-',b[j]),c[i-1][j]+mat(a[i],'-')}        (其中mat(x,y)表示字符x与y匹配的权值)
    则有上述状态转移方程可得边界为:
           c[0][0]=0
           c[i][0]=c[i-1][0]+mat(a[i],'-')
           c[0][j]=c[0][j-1]+mat('-',b[j])

参考

http://blog.csdn.net/lyy289065406/article/details/6648156

http://blog.csdn.net/kk303/article/details/6689769

两个数组有可能都存在'-'的情况.
比如

 2 AT

 2 TA   

这类情况...最优解应该是   -AT 与 TA-  .

#include <iostream>
#include <stdio.h>
#include <cstring>

using namespace std;

int Map[5][5] = { {5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};
int getMapIndex(char c)
{
	switch(c)
	{
		case 'A':
			return 0;
		case 'C':
			return 1;
		case 'G':
			return 2;
		case 'T':
			return 3;
		case '-':
			return 4;
	}
}

#define MAX_G (100+1)
int Genu[3][MAX_G];
int L[3];

int Value[MAX_G][MAX_G];//dp[i][j]为取s1第i个字符，s2第j个字符时的最大分值
#define INDEX__ 4

int max3(int a,int b,int c)
{
	int m = b;
	if( a > b)
		m=a;
	if( c > m)
		m=c;

	return m;
}

int main()
{
	int t;
	while(cin>>t)
	{
		for(int _t =1;_t<=t;_t ++)
		{
			//每个test有两行
			for(int i=1;i<=2;i++)
			{
				char c;
				cin>>L[i];
				getchar(); //for blank
				for(int j=1;j<=L[i];j++)
				{
					c=getchar();
					Genu[i][j]=getMapIndex(c);
					//printf("i=%d,j=%d c=%c\n",i,j,c);
				}
					
			}

			int l1=L[1],l2=L[2];
			memset(Value,0,sizeof(Value));
			Value[0][0] = 0;
			for(int i=1;i<=l1;i++)
			{
				Value[i][0] = Value[i-1][0] + Map[ Genu[1][i]][INDEX__ ];
			}

			for(int j=1;j<=l2;j++)
			{
				Value[0][j] = Value[0][j-1] + Map[ INDEX__][Genu[2][j] ];
			}

			for(int i=1;i<=l1;i++)
			{
				for(int j=1;j<=l2;j++)
				{
					Value[i][j] = max3(Value[i-1][j-1] + Map[ Genu[1][i] ] [ Genu[2][j] ],
							Value[i-1][j] + Map[ Genu[1][i] ] [INDEX__] ,
							Value[i][j-1] + Map[ INDEX__] [ Genu[2][j] ]);

				}
			}
			int maxret = 0;

			maxret = Value[l1][l2];
			cout<<maxret<<endl;
		}
	}
}