david10251025-CSDN博客

转载五个网站查物种基因组大小

动物基因组大小（需翻墙)植物已测序的基因组大小真菌基因组大小原核生物基因组大小5.NCBI怎么缺呢注：若如，可要查近源种转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/11004689.html...

2019-06-11 17:00:00 4956

转载 fastqc出现错误

先用conda安装conda install fastqc 很顺利输入fastqc结果Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it...

2019-02-25 11:17:00 1877

转载在CentOS安装CMake

一、环境描述1、系统：CentOS 6.4 i386 (min)2、登录用户：root3、版本：CMake 3.14二、安装步骤步骤一、安装gcc等必备程序包（已安装则略过此步）yum install -y gcc gcc-c++ make automake 步骤二、安装wget （已安装则略过此步）yum install -y wget步骤三、获取CMake源码包w...

2019-02-24 16:12:00 212

转载 fasta序列操作神器——seqkit

一、序列操作：1.取反向序列seqkit seq test.fa -r > test_re.fa2.取互补序列seq test.fa -p > test_com.fa3.取反向互补序列seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa4.DNA序列转换为RNA序列seqkit seq test.fa --nda2rna &...

2019-02-23 10:25:00 4184

转载统计fasta序列条数

1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具# 通过搜索>的数量grep -c '^>' myFasta.fasta1397492#seqkit统计提取，速度也是很快的seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 41397492# 统计 1-100bp 范围长的序列数cat t.fa | seqkit seq -m...

2019-02-22 21:30:00 4890

转载 FASTA文件分割

FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件假如有如下数据：Tricas1.fasta$ head Tricas1.fastaCM000276.2tgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcg...

2019-02-22 15:29:00 6964

转载 parallel-fastq-dump是一个大坑

用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6但它会把anaconda默认python版本为3.6，无论是3.7还是2.7且它不管以你是自己的环境还是公共的环境，都会升级你不得不重装anaconda转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10417687.html...

2019-02-22 12:30:00 1271

转载生信软件安装（2）

1 minimap2 的安装conda install -c bioconda minimap2 2 Lighter 的安装git clone https://github.com/mourisl/Lighter.gitcd Lighter make3 BESST 的安装sudo pip install BESSTorsudo easy_install BESST...

2019-01-23 13:09:00 621

转载 2018年一些感悟

1.尽量少赖床，5:30起来。这样不耽误打电话，六点叫起床，不然室友会吵到啊2.英语要好好练，不能三天打鱼两天晒网的。要有规划3.要静下心，不要焦躁。才研一，技术学好后才有机会找工作4.按照目标职位来要求自己。5.网上一半的信息是无效的，另25%是需要提炼的6.要多沟通转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/102945...

2019-01-20 12:35:00 114

转载 raw data/PF data/Q30 data/clean data的不同

测序数据拿回来之后，会给一些数据。那么这些数据代表什么呢？1. 原始数据（Raw data）：一次测序产生的全部原始数据。理论上，它们应该是没有经过任何过滤的，无论好坏。2. PF数据（PF data）：在测序过程中，Illumina内置软件根据每个测序片段（read，通常每个片段长100个碱基）前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准，则该read的...

2019-01-07 14:16:00 3549

转载 linux下的文件操作——批量重命名

概述：在日常工作中，我们经常需要对一批文件进行重命名操作，例如将所有的jpg文件改成bnp，将名字中的1改成one，等等。文本主要为你讲解如何实现这些操作1、删除所有的 .bak 后缀：rename 's/\.bak$//' *.bak注意，这个命令的格式组织如下：s/ \.bark$ / / 是s/para1/para2/ 这个有点想sed...

2019-01-03 09:45:00 443

转载一些小脚本、命令代码

以lunix系统为例1.批量提取文件夹下文件名到文本里如要获取xiao/reads文件夹里的文件名　#species.txtcd xiaols reads / | sed "s/.gz//g" > species.txt #将后缀名为.gz的文件名导入TXT里如果你在windows里写的shell脚本放到linux系统里运行就可以会提...

2019-01-02 17:14:00 240

转载 conda使用

conda info --envs # 环境信息conda create -n test python=2.7 ￥#创建环境test，并指定python版本，此例为2.7source activate test #激活环境source deactivate test #关闭环境conda remove --name test --all#删除环境包管理...

2018-12-29 15:23:00 104

转载 onedrive共享文件的下载

前几天一直在下一个onedrive共享的文件。但不搭梯子打开不了网页，搭了梯子又特慢。后来发现啊，完全可以用迅雷下的。具体是先打开网页，点下载，下了一会撤掉梯子。重新下，如果还是慢，可以先取消，复制下载地址给迅雷。转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10173246.html...

2018-12-25 12:36:00 15788

转载生物信息软件安装（不定时更新）

(以本地电脑wsl子系统的unbantu为例)软件安装anaconda安装与配置下载Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/在下载目录下输入bash Anaconda2-2.2.1-Linux-x86_64.sh #安装Anaconda点yes往下后，输入查看是否安装成功 python -...

2018-12-24 13:54:00 2102

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