生物信息软件安装（不定时更新）

最新推荐文章于 2024-06-06 10:03:59 发布
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文章标签： 运维 python git
原文链接：http://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10168189.html
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本文档以Ubuntu系统为例，详细介绍了生物信息学软件的安装过程，包括Anaconda、faToTwoBit、bedtools、MAFFT、BESST、minimap2、BBmap、seqkit、Gblocks、tree命令、stampy、zlib库、megahit、samtools、lighter、fastp、minia和fastqc等。在安装过程中遇到的问题，如Python版本冲突、依赖库缺失等，也提供了解决方案。
摘要由CSDN通过智能技术生成

(以本地电脑wsl子系统的unbantu为例)

软件安装

  1. anaconda安装与配置
bash Anaconda2-2.2.1-Linux-x86_64.sh #安装Anaconda
  • 点yes往下后，输入查看是否安装成功
 python -V #查看Python 版本

结果为

Python 2.7.x :: Anaconda x.x.x (x86_64)
  • 更新环境配置
echo export PATH=$HOME/anaconda3/bin:$PATH >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc #更新
  • 增加源（channels）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

现在anconda下载好了
2.faToTwoBit安装 &#

最低0.47元/天 解锁文章
david10251025
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