FASTA文件分割

最新推荐文章于 2023-06-16 11:24:59 发布
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文章标签： awk python
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本文介绍了两种对FASTA格式序列文件进行分割的方法。方法一是使用awk命令，按每条序列一个文件进行分割；方法二是利用perl脚本fasta-splitter.pl，通过指定份数将文件均匀分割。详细操作步骤及下载链接见内容。
摘要由CSDN通过智能技术生成

FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件
假如有如下数据：
Tricas1.fasta
$ head Tricas1.fasta

CM000276.2
tgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcgcgccattttttttatttatt
tgccaattaagtgcacgtgtccgcgccatttaaaattttgttaccgatttagtgcgattt
tttaggttggcattactttttaaacacgtaactgcgccatttttttaatttagttacctg
tttagcgtgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcgcgccatttttttt
atttatttgccaattaagtgcacgtgtccgcgccatttaaaattttgttaccgatttagt
gcgattttttaggttggcattactttttaaacacgtaactgcgccatttttttaatttag
ttacctgtttagcgtgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcgcgccat
tttttttttatttatttaccgaataagtgcacgtgtccgctccatttaaaattttattag
cgatttagtgcgattttttaggttggcattactttttaaacacgtaactgcgccattttt

这里介绍几种方法对fasta文件进行分割。
方法一：awk
这个方法将文件分割为每

最低0.47元/天 解锁文章
david10251025
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