全局序列联配

注意不是最长子序列LCS，LCS问题对应于匹配则奖励1，插缺则没有惩罚。如果要对插缺进行统计分析，则属于序列联配问题，最佳序列联配求出的并不是最长子序列

对有K个字母的字符集A进行扩展，加入缺口符号－，并提出得分矩阵为(k+1)＊(k+1)矩阵，将联配中的列(x,y)记为δ(x,y)，将联配的得分定义为所有列得分之和。

联配中列的概念是：假设V＝ATG，W＝A－G，则每列分别定义为：（0，0）、(1,1)、（2，2）（2，3）即：(V1,W1)、(V2,W2).....

1、给定得分矩阵，寻找2个字符串之间的最佳联配(这个最佳包含S（ i，j）相似性和d(i,j)编辑距离)

输入：字符串V和W及得分矩阵δ

输出：V和W的一个联配，它的得分是V和W所有可能联配中最大的。

对于V的前i个字符和W的前j个字符间的一个最优联配得分Si,j ，其相应的递归过程为：

Si,j=max(Si,j+δ(Vi,-)  ,Si,j-1+δ(-,Wj)  , Si-1,j-1+δ(Vi,Wj))

2、当错配和插缺的罚分分别为常数而不需要从得分矩阵中取数时，匹配的得分为+1时，相关序列的联配得分为

#matches-μ·#mismatches-·σ#indels 

其相应的递归过程为：

Si,j=max(Si-1,j -σ   ,Si,j-1 -σ  , Si-1,j-1 -μ if Vi<>Wj , Si-1,j-1 +1 ifVi=Wj )