36、蛋白质肽链搜索与高效求逆算法研究

蛋白质肽链搜索与高效求逆算法研究

1. 蛋白质构象搜索

1.1 蛋白质肽链参数

蛋白质肽链的结构通常可以由以下参数表示：
- 键长：$b$
- 键角：$\theta$
- $C_{\alpha}-N$ 键的二面角：$\varphi$
- $C_{\alpha}-C$ 键的二面角：$\psi$
- $C - N$ 键的二面角：$\omega$

这些参数决定了蛋白质肽链的三维构象。在旋转模型中，键长和键角保持其原始状态值不变，但二面角是可变的。

1.2 适应度函数

为了比较预测的候选结构与模板结构，将均方根偏差（RMSD）用于适应度函数中。对于结构 $x$ 的 $N$ 个节点位置和结构 $y$ 的相应 $N$ 个节点，带有加权因子 $w(i)$，RMSD 定义为：
[
RMSD(N; x, y) = \sqrt{\frac{\sum_{i = 1}^{N} w(i) (x_i - y_i)^2}{\sum_{i = 1}^{N} w(i)}}
]

如果要在原子水平上比较两个结构，节点就是原子；也可以在单体水平上比较，此时节点是单体。如果预测结构与模板结构相同，RMSD 应为零，但偏移会阻止这种情况发生。我们真正想要的是两个结构之间的最小 RMSD。这里使用 IP - mGA 搜索算法，该算法可以将一个结构移动到另一个结构上并进行评估，以最小化 RMSD。适应度函数定义为：
[
Fitness = - RMSD(N; x, y)
]
当适应度函数达到全局最大值时，就找到了所需的构象。