2024 诺贝尔化学奖 | 蛋白质结构研究与人工智能

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注：本文为几篇关于 2024 年诺贝尔化学奖蛋白质结构研究的相关合集。

2024 年诺贝尔化学奖揭晓，3 人共同获奖，表彰他们破解了蛋白质复杂结构的密码

原创生物学报生物学报 2024 年 10 月 09 日 17:59 湖北标题已修改

生物学报

撰文：王萌

排版：武钰婷

2024 年诺贝尔化学奖一半授予David Baker，“因计算蛋白质设计”，另一半共同授予Demis Hassabis和John M. Jumper，“因蛋白质结构预测”

2024 年诺贝尔化学奖是关于蛋白质，生命巧妙的化学工具。大卫・贝克成功地构建了全新的蛋白质，这几乎是不可能的壮举。 Demis Hassabis 和 John Jumper 开发了一种人工智能模型来解决 50 年前的问题：预测蛋白质的复杂结构。这些发现具有巨大的潜力。

生命的多样性证明了蛋白质作为化学工具的惊人能力。它们控制并驱动所有化学反应，这些化学反应共同构成了生命的基础。蛋白质还充当激素、信号物质、抗体和不同组织的组成部分。

“今年获得认可的发现之一涉及壮观蛋白质的构建。另一个是关于实现 50 年来的梦想：根据氨基酸序列预测蛋白质结构。这两项发现都开启了巨大的可能性。” 诺贝尔化学委员会主席海纳・林克 (Heiner Linke) 说道。

蛋白质通常由 20 种不同的氨基酸组成，堪称生命的基石。 2003 年，David Baker 成功地利用这些模块设计了一种不同于任何其他蛋白质的新蛋白质。从那时起，他的研究小组创造了一种又一种富有想象力的蛋白质，包括可用作药物、疫苗、纳米材料和微型传感器的蛋白质。

第二个发现涉及蛋白质结构的预测。在蛋白质中，氨基酸以长串连接在一起，折叠起来形成三维结构，这对蛋白质的功能至关重要。自 20 世纪 70 年代以来，研究人员一直试图根据氨基酸序列预测蛋白质结构，但这非常困难。然而，四年前，出现了惊人的突破。

2020 年，Demis Hassabis 和 John Jumper 提出了一种名为 AlphaFold2 的 AI 模型。在它的帮助下，他们已经能够预测研究人员已识别的几乎所有 2 亿种蛋白质的结构。自取得突破以来，AlphaFold2 已被来自 190 个国家的超过 200 万人使用。在众多的科学应用中，研究人员现在可以更好地了解抗生素耐药性并创建可以分解塑料的酶的图像。

没有蛋白质，生命就不可能存在。我们现在可以预测蛋白质结构并设计我们自己的蛋白质，这为人类带来了最大的利益。

以下是近 10 年来获奖者名单及其主要成就：

2023 年 —— 美国麻省理工学院教授蒙吉・G・巴文迪 (Moungi G. Bawendi)、美国哥伦比亚大学教授路易斯・E・布鲁斯 (Louis E. Brus) 和美国纳米晶体科技公司科学家阿列克谢・伊基莫夫 (Alexey I. Ekimov)，以表彰他们在 “发现和合成量子点” 方面的贡献。

2022 年 —— 美国科学家 Carolyn R. Bertozzi、丹麦科学家 Morten Meldal 和美国科学家 K. Barry Sharpless，以表彰他们 “在点击化学和生物正交化学方面的发展”。

2021 年 —— 德国和美国科学家 Benjamin List 和 David W.C. MacMillan 获奖，获奖理由是 “在不对称有机催化方面的发展”。

2020 年 —— 法国和美国科学家 Emmanuelle Charpentier、Jennifer A. Doudna 获奖，获奖理由是 “开发出一种基因组编辑方法”。

2019 年 —— 美国和日本 3 位科学家 John B Goodenough、M. Stanley Whittlingham、Akira Yoshino 获奖，获奖理由是 “在锂离子电池的发展方面作出的贡献”。

2018 年 —— 美国科学家 Frances H. Arnoid 获奖，获奖理由是 “研究酶的定向进化”；另外两位获奖者是美国的 George P. Smith 和英国的 Sir Gregory P. Winter，获奖理由是 “研究缩氨酸和抗体的噬菌体展示技术”。

2017 年 —— 瑞士、美国和英国 3 位科学家 Jacques Dubochet、Joachim Frank 和 Richard Henderson 获奖，获奖理由是 “研发出冷冻电镜，用于溶液中生物分子结构的高分辨率测定”。

2016 年 —— 法国、美国、荷兰 3 位科学家 Jean-Pierre Sauvage、J. Fraser Stoddart 和 Bernard L. Feringa 获奖，获奖理由是 “分子机器的设计与合成”。

2015 年 —— 瑞典、美国、土耳其 3 位科学家 Tomas Lindahl、Paul Modrich 和 Aziz Sancar 获奖，获奖理由是 “DNA 修复的机制研究”。

2014 年 —— 诺贝尔化学奖授予了美国科学家埃里克・贝齐格、威廉・莫纳和德国科学家斯特凡・黑尔，以表彰他们为发展超分辨率荧光显微镜所作的贡献。

2013 年 —— 诺贝尔化学奖授予美国科学家马丁・卡普拉斯、迈克尔・莱维特和阿里耶・瓦谢勒，以表彰他们在开发多尺度複杂化学系统模型方面所做的贡献。

2012 年 —— 美国科学家罗伯特・莱夫科维茨和布莱恩・克比尔卡因 “G 蛋白偶联受体研究” 获诺贝尔化学奖。

2011 年 —— 以色列科学家达尼埃尔・谢赫特曼因准晶体的发现而获得 2011 年的诺贝尔化学奖。

2010 年 —— 美国德拉威尔大学的 Richard F. Heck、普渡大学的 Ei-ichi Negishi 以及日本北海道大学的 Akira Suzuki，他们发明了新的连接碳原子的方法，获得 2010 年诺贝尔化学奖。

2024 年诺贝尔化学奖揭晓，3 人共同获奖，表彰他们破解了蛋白质复杂结构的密码

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2024 年诺贝尔化学奖揭晓！揭开蛋白质折叠的秘密

原创雷永青蝌蚪五线谱 2024 年 10 月 11 日 16:01 北京

当地时间 10 月 8 日，瑞典皇家科学院宣布，将 2024 年诺贝尔化学奖授予三位科学家，一半奖金授予戴维・贝克（David Baker），以表彰他在 “计算蛋白质设计” 方面的贡献，并将另一半奖金授予德米斯・哈萨比斯（Demis Hassabis）和约翰・江珀（John M. Jumper），以表彰他们在 “蛋白质结构预测” 方面的贡献。

三位科学家简介

戴维・贝克 1962 年出生于美国华盛顿州西雅图，目前是华盛顿大学的生物化学教授，同时也是蛋白质设计研究所的所长。他在计算生物学领域有着深入的研究，特别是在蛋白质折叠和设计方面。

德米斯・哈萨比斯 1976 年出生于英国伦敦，2009 年在英国伦敦大学学院获得博士学位。目前他是 DeepMind 的联合创始人兼首席执行官，他在认知神经科学和人工智能领域有着广泛的研究，领导了 AlphaFold 算法的开发。

约翰・江珀 1985 年出生于美国阿肯色州小石城，2017 年获得美国伊利诺伊州芝加哥大学博士学位。目前他是 DeepMind 的高级研究科学家，他在人工智能和机器学习领域有着显著的贡献，尤其是在蛋白质结构预测方面。

插图：化学家们长久以来一直梦想着完全理解和掌握生命的化学工具 —— 蛋白质。现在，这个梦想已经触手可及。德米斯・哈萨比斯（Demis Hassabis）和约翰・江珀（John M. Jumper）成功利用人工智能预测了几乎所有已知蛋白质的结构。戴维・贝克（David Baker）学会了如何掌握生命的构建块并创造全新的蛋白质。

蛋白质的研究历史

普通公众要理解今年诺贝尔化学奖的科学成就，蝌蚪君认为有必要先梳理一下蛋白质的研究历史。

1838 年，荷兰化学家莫伊尔德首次提出 “蛋白质” 这一术语，并对其化学性质进行了初步研究。

1902 年，俄国科学家米尔・费舍尔（Emil Fischer）发现了肽和肽键，认为蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的，他于 1902 年被授予诺贝尔化学奖。

1912 年，波兰化学家弗雷德里克・桑格（Frederick Sanger）完成了第一个蛋白质的完整氨基酸序列测定，即胰岛素的 B 链，这标志着蛋白质序列分析的诞生。他于 1958 年被授予诺贝尔化学奖。

20 世纪 50 年代末，英国生物物理学家约翰・肯德鲁（John Kendrew）和马克斯・佩鲁茨（Max Perutz）成功地使用了一种称为 X 射线晶体学的方法，展示了蛋白质的首个三维模型。为了表彰这一发现，他们于 1962 年被授予诺贝尔化学奖。

1961 年，美国科学家克里斯蒂安・安芬森（Christian Anfinsen）做出了另一个早期发现。他利用各种化学技巧，成功地使一个现有蛋白质展开，然后再次自行折叠，蛋白质每次都呈现出完全相同的形状。他得出结论，蛋白质的三维结构完全由蛋白质中的氨基酸序列决定。他于 1972 年被授予诺贝尔化学奖。

上世纪 70 年代，科学家们开始研究和揭示基因序列与蛋白质序列之间的关系。美国人赛勒斯・莱文塔尔（Cyrus Levinthal）在 1969 年就通过计算出得出结论，蛋白质如何折叠的所有信息都存在于氨基酸序列中。

上世纪 80 年代开始，生物信息学开始兴起，为大量蛋白质的氨基酸序列的分析和比较提供了工具。

2001 年，人类基因组草图完成，为蛋白质的氨基酸序列研究提供了大量数据。

插图：一个蛋白质可以由几十个氨基酸到几千个氨基酸组成。氨基酸链折叠成一个三维结构，这个结构对于蛋白质的功能是决定性的。

三位科学家的具体贡献

时间标尺继续下划，就到了 2024 年诺贝尔化学奖的区间。下文就重点讲解此次获奖的三位科学家各自的贡献：

戴维・贝克（David Baker）在 “计算蛋白质设计” 方面到底作出了哪些贡献呢？

首先，我们先要搞清楚什么是蛋白质折叠？ 蛋白质是由 20 种不同的氨基酸通过肽键连接而成的长链。而这些长链在空间中是折叠成复杂的三维结构的，所以氨基酸的排列顺序其实就决定了蛋白质最终的三维结构，然而尽管科学家们知道蛋白质的氨基酸序列，但他们无法计算得知这些序列会如何折叠成特定的三维结构。由于蛋白质结构的复杂性，预测其折叠方式不仅需要巨大的计算能力，还需要对于