32、序列分析中的对齐模块与Lambda应用解析

于 2025-08-28 14:54:28 发布
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分类专栏： SeqAn3：现代C++生物信息学 文章标签： 序列分析 对齐模块 Lambda应用
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序列分析中的对齐模块与Lambda应用解析

1. 对齐模块概述

对齐模块在可用性方面提供了大部分计划中的功能，其接口已接近最终设计状态。不过，在高性能实现上，仍有许多关键部分缺失。下面从性能、简洁性、集成性、适应性和紧凑性几个方面详细探讨。

2. 性能分析

对齐模块的优化是一个持续的过程。早期的微基准测试已显示出有前景的结果，具体数据如下表所示。

Seq. length Threads SIMD SeqAn2 SeqAn3
150 ± 0 1 – 386 M/s 219 M/s
150 ± 32 1 – 378 M/s 220 M/s
150 ± 64 1 – 384 M/s 221 M/s
150 ± 0 4 –
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