生信工具

Megan

①比对分析可以用其工具DIAMOND完成，比BLASTX快

②物种注释、物种和功能的PCoA分析、稀释曲线、SEED分析、KEGG分析、COG/eggNOG分析等。MALT工具。

IMP

宏基因组和宏转录组结合的新分析工具

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注释：

 

①稀释性曲线(rarefaction curve)：一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。

它可以用来比较测序数量不同的样本物种的丰富度，也可以用来说明样本的取样大小是否合理。分析采用对优化序列进行随机抽样的方法，以抽到的

序列数与它们所能代表OTU的数目构建rarefaction curve。稀释性曲线图中，当曲线趋向平坦时，说明取样的数量合理，更多的取样只会产生少量新的OTU，

反之则表明继续取样还可能产生较多新的OTU。因此，通过作稀释性曲线，可以得出样品的取样深度情况。

 

②KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库

中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，

序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。

 

③COG (Cluster of Orthologous Groups of proteins)

 

④eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)

 

转载于:https://www.cnblogs.com/pxy7896/p/6273466.html