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RSS订阅转载 DADA2处理原始序列获取ASV特征表与物种注释表
一、软件介绍 DADA2(Divisive Amplicon Denoising Algorithm 2)是一个用于建模和修正多种测序平台（Illumina、Roche 454）测序扩增子错误的开源软件（R）包。在扩增子分析处理流程中，DADA2算法能够准确地推断样本序列并寻找出单个核苷酸的差异(往往能够比其他方法识别出更多真实变体和输出更少的虚假序列）。DADA2是一个通过构建错误率模型来推测扩增子序列是否来自模板的算法，以自身数据的错误模型为参数，不用依赖于其他参数分布模型。DADA2最重要的优势是用了
2022-04-13 10:09:41
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转载 BIOM格式文件_微生物组数据通用数据格式
生物观测矩阵（Biological Observation Matrix，BIOM）是微生物组数据通用数据格式（The Biological Observation Matrix (BIOM) format — biom-format.org），BIOM格式的表称为biom表，一般使用.biom扩展名。biom表的优点是可以将OTU或Feature表、样本属性和物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧。目前，几乎所有的主流微生物组分析软件都支持BIOM格式，包括QIIME2、PICRUSt
2022-04-13 10:07:52
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转载 网络分析_Cytoscape与Gephi基础实战
网络分析（Network analysis）是指通过连接法，寻找变量之间的联系，以网络图或者连接模型（Connection model）来展示数据的内部结构，从而简化复杂系统并提取有用信息的一种定量分析方式。网络分析工具和网络思维被广泛用于数学、社会科学、计算机科学和环境微生物学等领域，主要用于探索一个或多个系统中的实体之间的相互作用。例如在微生物生态研究中，既可以通过分析一个物种群落数据集来展现物种间的共现模式（co-occurance pattern），也可以结合物种群落数据集与环境因子数据集来分析环境
2022-04-12 20:57:27
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转载 相关性分析原理与实操
在数据分析过程中，通常引入统计学名词“变量”来代替不同的影响因素。在大量的变量关系中，相关关系是非常重要的关系。相关关系是指两个变量或若干变量之间存在的一种非严格的确定性关系。例如，土壤是植物养分元素的主要来源之一，则叶片养分元素含量与土壤有效养分元素含量之间可能存在相关关系；生物因环境的变化而改变，在不同纬度地区水热条件存在差异，则植被类型与纬度可能存在相关关系。在数据分析中，这种不确定的关系通常是我们研究的重点。一、相关关系类型①按相关的程度按相关的程度不同，可分为完全相关、不相关、不完全相
2022-04-12 20:30:12
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转载 基于SPSS的主成分分析（PCA）
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种统计方法。PCA以降维方式，在损失很少信息的前提下通过正交变换将一组可能存在相关性的变量（多个指标）转换为一组线性不相关的变量（少数几个综合指标）。转换生成的综合指标称之为主成分，其中每个主成分都是原始变量的线性组合，且各个主成分之间互不相关，这就使得主成分比原始变量具有某些更优越的代表性。在环境学领域，PCA分析能够从总体上反映各组样本之间的总体差异和组内样本之间的变异度大小。通常我们可以使用SPSS、SIMCA-P、PA
2022-04-12 18:08:41
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转载 微生物群落结构与环境因子关联分析_偏最小二乘法回归分析（PLS）
在环境微生物学领域中有个著名的信条——Everything is everywhere, but environment selects，这句话突出了环境因子对微生物群落结构的重要影响作用。在统计分析中，可以通过回归分析对微生物群落结构数据与其相对应的环境因子数据进行关联分析，进而找出引起微生物群落结构差异的主要环境影响因子，从而为微生物物种保护或提高生物处理中微生物利用效率提供理论依据。偏最小二乘法回归分析（PLS）就是最常用的关联分析工具之一。（1）为什么要选用PLS？在研究变量关系时，通常称被
2022-04-12 17:56:58
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转载 使用AMOS软件构建结构方程模型
结构方程模型（Structural Equation Model, SEM）是一种建立、估计和检验因果关系模型的方法。基于变量的协方差矩阵来分析变量之间的关系，因此也称为协方差结构分析。结构方程建模采用的是后验逻辑，即根据以往研究经验，假设构建网络结构模型。在模型构建完成后，通过检验模型整体拟合度，判断模型中各个路径是否达到显著来判断模型是否可用，之后逐一确定自变量对因变量的影响。 SEM是一种包含因素分析和路径分析的统计分析技术，适用于多变量间相互关系的研究，SEM包含测量模型和结构模型两个基本模型如下图
2022-04-12 17:14:21
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转载 PAST4.09的下载与使用介绍_简单高效
PAST（Paleontological Statistics）是一款免费的、实用的软件包，可以处理统计数据、计算各种统计指标和生成图表。该程序包含了多种分析技术，只需几次点击即可应用。 为什么分享PAST软件？PAST软件的相关文章在2001年发表，软件也在不断更新。迄今，PAST软件在谷歌学术上的引用率为19053。通过该软件进行扩增子测序数据（尤其是基于特征表）的下游分析可以高效、准确地获得结果。关注“环微分析”公众号，后台回复“PAST”，即可获取PAST4.09软件包和相关文献。当然啦
2022-04-12 17:04:58
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转载 Qiime2+Origin绘制稀释曲线
稀释曲线(Rarefaction Curve)也称稀疏曲线，一般在微生物组研究中多用于评估测序量或样本量的饱和情况。利用dada2去噪获得的table文件，计算随机抽取n个（n小于测得reads序列总数）reads时出现的ASV数量，然后根据一组n值（一般为一组小于总序列数的等差数列）与其相对应的ASV数量作出曲线。作图所需数据包含每个样本ASV的特征表，样本元数据。关注“环微分析”公众号，后台回复“稀释曲线”即可获取示例数据。一、QIIME2实操(1) 打开QIIME2，执行命令挂载共享文件夹
2022-04-12 16:46:50
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转载 FastQC的安装与使用
高通量测序获取的原始数据是一条条reads，再经过检测和拼接形成完整的基因组序列。这千千万万条序列就相当于我们数据分析实验的材料，如果测序质量比较差，那么得出的结果……，嗯，你懂的。今天小编分享给大家一个常用的测序数据质控工具FastQC，它可以评估这些序列的质量并给我们出具一份报告，便于我们对测序结果有一个整体的把控，为后续的数据处理提供依据。接下来我们就一起探索一下如何使用这个软件查看自己测序数据的质量吧~01 FastQC简介FastQC是一款基于Java语言设计的软件，目前可以直接下
2022-04-12 16:29:15
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转载 QIIME2安装_Windows下基于虚拟机Virtualbox安装QIIME2的注意事项、常见问题及其解决方法
本文列出了基于虚拟机(Virtual Box + QIIME Virtual Machine, QVM)安装QIIME 2的注意事项，常见问题及其解决方法。01 安装注意事项① 确认计算机运行内存大小查看电脑的运行内存 (Windows10系统) —— 开始(Win)>设置>系统>关于。② 确认计算机处理器信息查看电脑的处理器 (Windows10系统) —— 设备管理器(页面右侧)>在弹出窗口展开处理器。③ 以管理员的身份运行虚拟机（方法一）
2022-04-12 16:17:19
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转载 QIIME2安装_Windows下基于虚拟机Virtualbox安装QIIME2
本文我们主要介绍如何在Windows下基于虚拟机Virtualbox安装QIIME2。01 QIIME2软件简介QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology，发音同chime[tʃaɪm]）是微生物组领域最广泛使用的分析流程，它是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台，强调数据分析透明。2010年，美国科罗拉多大学的Rob Knight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME分析流程。Gregory J. Capora
2022-04-12 16:08:03
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转载 QIIME2进阶六_QIIME2训练分类器及物种注释
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文我们主要介绍了如何训练Naive Bayes分类器并把这个分类器应用于扩增子基因序列的物种注释与可视化。本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIM
2021-09-06 09:11:23
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转载 QIIME2进阶五_QIIME2扩增子基因序列多样性分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本节主要介绍了如何使用生物信息分析分析软件QIIME2对扩增子基因序列进行Alpha和Beta多样性分析，以及Alpha稀疏和深度选择。本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因
2021-09-06 09:10:51
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转载 QIIME2进阶四_QIIME2扩增子基因序列系统发育分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍使用生物信息分析软件QIIME2对扩增子基因序列进行系统发育分析。本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。本教程旨在探讨人源
2021-09-06 09:10:13
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转载 QIIME2进阶三_用QIIME2实现对数据的质量控制
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍了使用生物信息软件QIIME2中的DADA2与Deblur插件对扩增子基因序列进行质量控制。本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME
2021-09-06 09:09:49
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转载 QIIME2进阶一_用QIIME2解析序列，诠释生命
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文旨在介绍生物信息学软件QIIME2及其核心组成。2010年，美国科罗拉多大学的Rob Knight教授（现单位美国加州大学圣地亚哥分校）团队发布QIIME（发音同chime）分析流程。该流程可在Linux或Mac系统中运
2021-09-06 09:09:16
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转载 QIIME2进阶二_元数据及数据导入QIIME2
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本节主要讲解如何将元数据与数据导入生物信息分析软件QIIME2，实现数据导入与检查。本实战教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。本教程旨
2021-09-06 09:08:23
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转载 为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为
2021-09-05 16:03:42
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转载 如何使用MEGA软件构建系统发育树_速成实用经验
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍了使用MEGA7软件为获取的未知基因序列构建系统发育树，并从中获取基因序列的种属信息。工欲善其事，必先利其器。我想，介绍构建系统发育树之前有必要介绍一下建树过程中用到的主要工具与关键词定义。什么是MEGA？
2021-09-05 15:57:46
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转载 Mothur7_基于ASV、Phylotype和Phylogeny的分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍生物信息学软件 Mothur基于ASV、Phylotype、Phylogeny进行分析。基于ASV、Phylotype和Phylogeny的分析基于ASV的分析基于ASV的分析与基于OTU的分析相同，但分
2021-09-05 15:50:08
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转载 Mothur6_基于OTU的分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍生物信息学软件 Mothur基于OTU的分析流程。数据分析接下来实际分析数据。关注基于OTU的数据集，与使用ASV或phylotypes进行的分析基本相同。另外，请记住，当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这
2021-09-05 15:43:39
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转载 Mothur5_开始分析_OTUs、ASVs聚类与系统发育构建
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍生物信息学软件 Mothur进行给OTUs、ASVs分配序列以及进行系统发育工作。Mothur分析到了可以分析数据的时候了。想做两件事——给OTUs、ASVs分配序列以及进行系统发育工作。首先使用remove
2021-09-05 15:37:59
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转载 Mothur4_评估错误率
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍生物信息学软件 Mothur评估错误率。Mothur评估错误率测量自己序列的错误率，是在有了一个模拟群落的共同序列后才能做的事情。提供的序列的每95个样本，都做了同样的工作(This is something
2021-09-05 12:16:39
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转载 Mothur3_处理改进的序列
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍使用Mothur处理改进的序列。Mothur处理改进的序列1 unique序列许多序列往往是彼此重复的。将同一事物对比无数次在计算上是浪费的，所以使用unique.seqs命令来唯一化序列：moth
2021-09-05 12:11:32
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转载 Mothur2_减少测序和PCR错误
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍通过 Mothur减少测序和PCR错误。数据选择由于原始数据集（3.9GB）很大，作者提供了362对fastq文件中的21对。例如，F3D0_S188_L001_R1_001.fastq和F3D0_S188_
2021-09-05 12:07:13
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转载 Mothur1_Mothur的简介及运行准备
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要介绍生物信息学软件 Mothur及其分析准备，接下来我们将持续更新Mothur中文教程。Mothur是由密歇根大学微生物学和免疫学系的Patrick Schloss教授和其研究小组开发的一款开源、可扩展的软件，可用于
2021-09-05 10:08:39
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转载 Mothur可视化_Mothur输出结果可视化_测序数据分析常用图表
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要讲解了对生物信息分析软件Mothur的分析输出结果文件进行图形可视化，及其可视化结果的应用。前言：小编刚开始看高通量测序数据分析文章的时候，感觉个个图表都高大上，但只觉得别人画的真好，自己却真的一无所知耶，更别提能看
2021-09-05 09:47:58
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转载 Mothur7进阶_Mothur实战基础命令大全_Mothur基础指令及其含义
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文为Mothur使用者提供了基础命令解读中文注释版，结合Mothur进阶系列教程。其中，命令解读顺序依其在本教程第一次出现的位置排序。Mothur官网为使用者提供了命令解读英文版（https://mothur.org/wi
2021-09-04 21:42:41
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转载 Mothur6进阶_Mothur扩增子基因序列分析_基于系统型phylogeny的多样性指数分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列进行基于系统型phylogeny的多样性指数分析，并提供了所有过程输出文件。OTU和基于Phylotype的分析是分类方法，取决于binning过程。相反，基于Phyloge
2021-09-04 21:27:28
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转载 Mothur5进阶_Mothur扩增子基因序列分析_基于OTU或ASV的多样性指数分析
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列基于OTU或ASV进行多样性指数分析。01文件名称的再处理当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这些样本的稳定性和群落结构的变化有关。组名是F或M（动物性别），然后是数字（
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转载 Mothur4进阶_Mothur扩增子基因序列处理_物种注释及发育分析
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2021-09-04 16:11:56
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转载 Mothur3进阶_Mothur扩增子基因序列处理_数据比对、聚类及其处理评估
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本节主要讲解使用Mothur软件对扩增子基因序列进行数据库比对，过滤，聚类，去除嵌合体及其处理评估。01数据与数据库的比对使用pcr.seqs命令针对感兴趣的区域定制一个数据库，将序列与参考序列比对。参考数据库（silv
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转载 Mothur2进阶_Mothur扩增子基因序列_数据预处理
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！本节重点讲解使用Mothur软件对扩增子序列进行拼接，切除与唯一化等预处理流程。01数据的拼接使用make.contigs完成每一个样品两端测序的拼接以及合并所有样本的数据。以stability.files作为输入文件，
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转载 Mothur1进阶_走近Mothur，探索未知
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！Mothur是一款由密歇根大学微生物与免疫学系的Patrick Schloss教授及其研究团队共同研发的微生物群落生态学分析工具，具有开源、可拓展的特点，能够满足微生物群落生态学的生物信息学分析要求。Mothur整合了dot
2021-09-04 15:39:02
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