SGE基本操作

SGE怎样工作： 1. 接受用户投放的任务 2. 在任务运行以前，将任务放到一个存储区域 3. 发送任务到一个执行设备，并监控任务的运行 4. 运行结束写回结果并记录运行日志 常用的SGE命令： 1. 投递任务到指定队列all.q 方法一： qsub -cwd -l vf=*G -q all.q *.sh 方法二： qsub -cwd -S /bin/bash -l vf=*G -q all.q *.sh -cwd 表示在当前路径下投递，sge的日志会输出到当前路径。 -l vf=*G 任务的预估内存，内存估计的值应稍微大于真实的内存，内存预估偏小可能会导致节点跑挂。 -q 指定要投递到的队列，如果不指定的话，SGE会在用户可使用的队列中选择一个满足要求的队列。 注： 方法一和方法二都可以投递任务到指定队列，但是方法一可能会输出警告信息“Warning: no access to tty (Bad file descriptor). Thus no job control in this shell.” 这是因为SGE默认使用的是tcsh，而*.sh使用的是bash，所以应该在投递的时候指明命令解释器。若非要使用方法一的话，可以在脚本*.sh的开头加上#$ -S /bin/bash。 2. 投递任务到指定节点 qsub -cwd -l vf=*G -l h=node1 *.sh qsub -cwd -l vf=*G -l h=node1 -P project -q all.q *.sh -P 参数指明任务所属的项目 3. 查询任务 qstat -f 查看所有任务 qstat -j jobId 按任务id查看 qstat -u user 按用户查看 任务状态： qw 表示等待状态 Eqw 投递任务出错 r 表示任务正在运行 dr 节点挂了之后，删除任务就会出现这个状态，只有节点重启之后，任务才会消失 4. 删除任务 qdel -j 1111 删除任务号为1111的任务 5. 其他命令 qrsh 与qsub相比，是交互式的投递任务，注意参数： -now yes|no 默认设置为yes 若设置为yes，立即调度作业，如果没有可用资源，则拒绝作业，任务投递失败，任务状态为Eqw。 若设置为no，调度时如果没有可用资源，则将作业排入队列，等待调度。 例子： qrsh -l vf=*G -q all.q -now no -w n *sh qacct 从集群日志中抽取任意账户信息 qalter 更改已提交但正处于暂挂状态的作业的属性 qconf 为集群和队列配置提供用户界面 qhold 阻止已提交作业的执行 qhost 显示SGE执行主机（即各个计算节点）的状态信息 qlogin 启动telnet或类似的登录会话。 6. bash脚本与Linux环境变量 为了防止脚本运行时找不到环境变量，在投递的bash脚本的前面最好加上以下两句话： #! /bin/bash #$ -S /bin/bas Ctal + z 挂起 bg 回车在后台执行 fg 回车，切换为前台执行 (1) CTRL+Z挂起进程并放入后台 (2) jobs 显示当前暂停的进程 (3) bg %N 使第N个任务在后台运行(%前有空格) (4) fg %N 使第N个任务在前台运行 默认bg,fg不带%N时表示对最后一个进程操作!

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