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RSS订阅转载 PDB文件的格式
PDB文件里面的信息有严格的格式的。 各行数据，如标识、原子名、原子序号、残基名称、残基序号等，不仅要按照严格的顺序书写，而且各项所占的空符串长度，及其所处的各行的位置都是严格规定的。有关PDB文件的格式的全部说明可以在http://www.wwpdb.org/docs.html网站上查询。对于使用分子模拟而言，最需要关心的是记录着原子坐标的信息...
2018-03-31 23:16:00
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转载 Fluent压力
Pabs =Pstasta +PrefrefrefPgua =Patm +P refrefrefPtot =Pstasta +P dyn dynPdyn dyn=ρV2/2式中， Pabs 、Pstasta 、Pdyn dyn、Ptot 、Pgua 、Patm 和 Prefrefref分别表示绝对压力、 分别表示绝对压力、 分别表示绝对压力、 分别表示绝对压力、 分别表示绝对压力、 静压...
2018-03-31 22:03:00
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转载 VMD中实现原子的数值着色方法
本文的操作是在VMD 1.8.6中进行。想作出下面的图吗？想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性（能量、位移、破坏程度等等）进行着色吗？那就阅读本文吧！只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。一、准备数据文件1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为dump.pdb这里要说明一下：文件...
2018-03-28 14:03:00
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转载 LAMMPS常用建模方法总结
内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中创建原子。当然，创建模型不仅限于这些命令，还有一些其他的命令，比如delete_atoms等。事实...
2018-03-28 14:01:00
1668
转载 LAMMPS Data Format
LAMMPS Data FormatReturnto top-level of LAMMPS documentationThis file describes the format of the data file read into LAMMPS with the "read data" command. The data file contains basic inform...
2018-03-28 13:55:00
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转载 分子动力学中步长的选取
一般来说，时间步长应该设为分子运动的最小振动周期的1/10 左右为宜。在化学分子中振动周期最短的是碳氢键的伸缩振动，其特征振动频率大约是3000cm-1，其振动周期大约是10fs。所以通常的分子动力学时间步长最高不能高于1fs。http://blogold.chinaunix.net/u2/85704/showart_1884250.htmlThe choice of times...
2018-03-28 13:52:00
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空空如也
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