分子动力学中步长的选取

最新推荐文章于 2025-04-01 18:27:25 发布

ditigao0965

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原文链接：http://www.cnblogs.com/Simulation-Campus/p/8663427.html

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分子动力学模拟中，时间步长一般设定为分子振动最小周期的1/10，如碳氢键振动周期的1fs左右。使用SHAKE或RATTLE约束算法可允许更长的时间步长。对于不同类型的模型，如有机模型、简单液体或离子材料，时间步长会有相应调整，如简单模型可采用高达20fs的步长。确保时间步长适合所用的积分算法，如ABM4方法需要较Verlet算法更小的步长。5fs通常被视为大多数金属系统的合适选择，而轻元素或强键系统可能需要更小的步长。

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一般来说，时间步长应该设为分子运动的最小振动周期的1/10 左右为宜。在化学分子中振动周期最短的是碳氢键的伸缩振动，其特征振动频率大约是3000cm-1，其振动周期大约是10fs。所以通常的分子动力学时间步长最高不能高于1fs。

http://blogold.chinaunix.net/u2/85704/showart_1884250.html

The choice of timestep
A key parameter in the integration algorithms is the integration timestep. To make the best use of the computer time, a large timestep should be used. However, too large a timestep causes instability and inaccuracy in the integration process.

Relation of timestep to molecular vibration

The timestep used depends on the model as well as the integrators. The main limitation imposed by the model is the highest-frequency motion that must be considered. A vibrational period must be split into at least 8-10 segments for models to satisfy the Verlet ass