VMD中实现原子的数值着色方法

本文的操作是在VMD 1.8.6中进行。

 

想作出下面的图吗？

想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性（能量、位移、破坏程度等等）进行着色吗？

那就阅读本文吧！

只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。

 

 

 一、准备数据文件

1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为dump.pdb

这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式），后面会解释为什么。

 

得到pdb格式或xyz格式的方法：

打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，fileàsave coordinates

Selected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。

格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下（我的是C:\Program Files\University of Illinois\VMD）。

 

2、其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data

数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行，例如：

dump文件的数据如下:

ITEM: TIMESTEP

0

ITEM: NUMBER OF ATOMS

20514