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Doris_xixi
嘻嘻你要慢慢地爬呀~
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GATK流程
一、使用GATK前须知事项:(1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。(2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是4.0.6.0(2018.7.9)...转载 2018-07-09 09:36:41 · 16692 阅读 · 1 评论 -
SeqPrep质控
一、描述SeqPrep is a program to merge paired end Illumina reads that areoverlapping into a single longer read. It may also just be used forits adapter trimming feature without doing any paired end overlap...原创 2018-07-16 14:49:23 · 2370 阅读 · 0 评论 -
sickle
对测序数据进行质控时,通常考虑三点:1.quality trimming2.adapter removal3.contaminant filtering除杂时我们用到了sickle,它能去除低质量的reads还能保证双端序列的完整性下载地址:https://github.com/najoshi/sickle 安装步骤:cd ~/biosoft mkdir sic...原创 2018-07-17 10:49:30 · 2799 阅读 · 0 评论 -
BWA使用
全称:Burrows-Wheeler Aligner参考:https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.htmlhttp://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/官方文档:http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...原创 2018-07-17 16:08:12 · 8644 阅读 · 2 评论 -
FASTX-Toolkit
FASTX-Toolkit介绍背景介绍高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端,去除N较多的reads等,针对高通量测序数据的质控软件有很多,在此介绍质控工具:fastx_toolkitFASTX-ToolkitFASTX-To...原创 2018-09-11 15:32:26 · 3272 阅读 · 1 评论 -
【SV分析-1】Manta
欢迎关注:oddxix1.介绍Manta由illumina开发,用于分析小集合的生殖变异与在个体的肿瘤/正常样品对中的体细胞变异。2.安装安装介绍 Manta installation instructions3.方法概述Manta将SV和indel发现过程分为两个主要步骤:(1)扫描基因组以找到SV相关区域;(2)在这些区域中发现的SV的分析,评分和输出3.1 Bu...原创 2018-11-19 17:40:53 · 5072 阅读 · 0 评论