vcf 提取SNP 以及INDEL

最新推荐文章于 2024-05-16 21:04:33 发布
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版权

GATK

SNP

gatk SelectVariants -V in.vcf.gz -select-type SNP -O out.vcf.gz

INDEL

gatk SelectVariants -V in.vcf.gz -select-type INDEL -O out.vcf.gz

VCFTOOLS

SNP

vcftools --gzvcf in.vcf.gz --remove-indels --recode-INFO-all  --out out

INDEL

vcftools --gzvcf in.vcf.gz --keep-only-indels    --recode-INFO-all --out 

dospca
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VCFTools.jl：用于处理VCF文件的Julia实用程序
02-04
4. **变异数目分布**：可以计算样本或群体中不同类型的变异数目，如SNP、Indel等，以及它们在基因组中的分布情况，帮助研究人员洞察基因组的变异模式。 5. **变体联合分析**：对于多样本VCF文件，VCFTools.jl可以...
python通用读取vcf文件的类（复制粘贴即可用）
09-17
在生物信息学领域，VCF（Variant Call Format）是一种标准格式，用于存储基因组序列中的变异信息，如单核苷酸多态性（SNP）、插入/删除（Indel）等。在给定的代码中，作者提供了一个通用的类结构，使得用户能够方便...
根据VCF文件探测差异SNP并设计引物序列
青笋的博客
08-04 623
本文将分享一种基于R语言从VCF文件快速获得引物设计序列的方法，用于从变异位点的vcf文件中寻找两样品的差异位点，并寻找参考基因组指定位置上下游区间，设计Marker引物序列。：如果有两个样品的测序数据，并通过GATK等上游分析得到了变异位点信息，现在我想要找任意两个样品的差异SNP，并提取该位置上下游50bp序列，用于设计引物，应该怎么做？上述R脚本提供了一种方法来识别两个材料序列之间的差异位点，并设计marker引物序列，可用于生物学研究，有助于解放双手，早点下班哈哈哈哈。8. 迭代获取参考序列信息。
GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取
weixin_44482816的博客
09-28 8169
1、测序质量评估 ## conda安装fastqc fastqc *.fq.gz 2、合并评估报告 ## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需) multiqc . 3、数据过滤(重复、接头等) ## conda安装fastp（fastp也会生成过滤前后的质量报告，如果需要的话，需要对报告文件重命名） fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz 4、下载参.
生信软件19 - vcftools高级用法技巧合辑
最新发布
LittleComputerRobot的博客
05-16 1101
vcftools高级用法
VCFtools
weixin_34099526的博客
03-31 1175
The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be found on the manual page. Running the program ...
使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）
weixin_33754913的博客
06-22 4969
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、输入命令： bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5...
5、提取snp indel 位点
weixin_30682415的博客
08-14 881
le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]...
如何用Plink提取指定染色体、指定SNP、指定个体的信息
weixin_60410989的博客
05-09 8252
开门见山，直接上代码！！！ 一、提取指定染色体 用 --chr 命令来提取某一特定染色体信息，比如我想提取5号染色体的信息，代码如下： plink --bfile file.name --chr 5 --make-bed --out file.name （注：上面代码所对应文件均为二进制文件） 二、提取指定SNP 用 --extract 命令来提取某些指定SNP，把需要提取的SNP按照以下格式整理到文本文件中： 1_19132592 1_19657470 1_64646591 .....
基因型文件转换为vcf文件.rar_vcf中./. 基因型_基因型文件转换为vcf文件
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VCF（Variant Call Format）文件格式是一种广泛使用的标准格式，用于存储基因组变异数据，包括单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失（Indel）等。本教程将详细介绍如何将基因型文件转换为VCF文件，并提供一个实际的转换...
snippy:快速单倍体变异调用和核心基因组比对
05-26
断断续续 快速单倍体变异调用和核心基因组比对 作者 概要 Snippy在单倍体参考基因组和您的NGS序列读数之间找到SNP。 它将找到替换（snps）和插入/删除（indels）。 它将在单台计算机上使用尽...snps.vcf snps.bed snp
变量重新映射：用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道
02-25
目前，它仅是SNP和短indel，但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。 先决条件 要运行此管道，您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们，也可以使用 。 使用conda安装 ...
shapeit提取或去除指定SNP和样本（shapeit extract or exclude SNP, sample）
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基于bcftools + vcftools的vcf文件快速过滤流程
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01-25 2770
个人在群体变异数据合并和筛选工作中的一些心得和所用软件，在组内服务器上运行时有着不错的速度
从SNP_VCF文件提取SNV
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03-15 2126
文章目录前期了解文件分割(样本少可以不做)数据注释文件整合(样本少可以不做)注释的过滤 前期了解 VCF是测序文件的一种格式，详细记录测序样本的SNP信息，有很多介绍vcf文件内容的，在这里就不详细描述了。以下的工作主要对人类样本的SNP过滤出SNV的操作进行描述。 我收到的样本是这样子的： 共有24个，分别是24条染色体的.vcf.gz文件，每一条染色体的vcf文件都包含多个人的样本。 文件分割(样本少可以不做) VCF测序文件可能包含有多个样本，所以需要执行bcftools脚本进行分割，首先把每一条染
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做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法，软件版本：bcftools-1.5一、根据个体提取子集根据样品名提取vcf文件，准备要保留的个体名文件 keep.list，一行一个个体(参考第三步)。无痛处理，速度超快，命令如下：1 bcftools view -S ke...
plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）
weixin_33853794的博客
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一、提取样本： 提取样本见命令行： plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID） 同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove” 二、...
perl应用：SNP的提取（2）：从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl
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我们从第一步中得到的是一个如下的文件： ##maf version=1 scoring=lastz.v1.02.00 # lastz.v1.02.00 --ambiguous=iupac --notransition --step=20 --nogapped --format=maf # # hsp_threshold = 3000 # gapped_threshold =
phylip vcf
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Phylip VCF是一个将VCF（Variant Call Format）文件转换为Phylip格式的工具。VCF文件是一种常用的基因组变异信息文件格式，包含了样本中的单核苷酸变异（SNP）和小型插入/缺失（InDel）等变异信息。 Phylip是一种用于序列比对和系统进化分析的常用格式。它由多个序列的序列标识符和序列数据组成，其中每条序列的长度必须相等。Phylip格式便于进行基因序列分析，例如计算种群遗传关系和构建系统进化树等。 Phylip VCF工具可以将VCF文件中的变异信息转换为Phylip格式，方便进行系统进化和种群遗传分析。在转换过程中，Phylip VCF会将每个样本的VCF变异信息解析，并将其转化为相应的碱基或缺失标记。然后，它会生成一个符合Phylip格式要求的文件，其中每个样本的序列标识符和序列数据将被填充。 Phylip VCF的使用可以帮助研究人员利用VCF文件中的变异数据进行更全面的分析。将VCF文件转换为Phylip格式后，可以使用Phylip格式支持的各种工具进行系统进化和种群遗传分析。这种转换不仅能够减少在使用其他工具时需要进行的文件格式转换步骤，还使得变异信息可以更加方便地与其他序列数据一起进行分析。 总之，Phylip VCF是一个便捷的工具，可以将VCF文件转换为Phylip格式，从而利用Phylip格式的工具进行更多样化的系统进化和种群遗传分析。

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