bioinformatics
文章平均质量分 66
doudou8486
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
unigene
<br /><br />(一)关于RefSeq:NCBI参考序列<br />NCBI的参考序列计划(RefSeq)将为中心法则中自然存在的分子,从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析,基因表达研究,和多态发现提供一个稳定的参考点。<br />范围:目前,RefSeq记录为下列分子类型和基因组提供:分子 登录格式 基因组Complete GenomeNC_######Archaea, Bacterial, Organelle, V转载 2011-05-31 01:54:00 · 3346 阅读 · 0 评论 -
用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列
用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列Batch Entrez网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez转载 2011-06-13 20:23:00 · 13416 阅读 · 0 评论 -
install viennarna
yum install ncbi-blast-2.2.25+-3.x86_64.rpm tar vxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gzcd ViennaRNA-1.8.5./configuremakemake installcd..rm -rf ViennaRNA-1.8.5yum localinstall ncbi-blast-2.2.25+-3原创 2011-06-18 15:41:00 · 2609 阅读 · 1 评论 -
blast的相关概念
<br />如何本地化进行blast序列比对2011-01-27 10:201、基本概念<br /> 相似性(Similarity)<br />是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低,属于量的判断。<br /> 同源性(Homology)<br />是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时,才可称它们为同源的,属于质的判断。<br /><br />相似性和同源性的关系<br /转载 2011-04-29 11:07:00 · 6876 阅读 · 0 评论 -
FastQ格式介绍
FastQ格式介绍为了便于测序数据的发布和共享,高通量测序数据以FASTQ 格式来记录所测的碱基读段和质量分数.如下图 所示,FASTQ 格式以测序读段为单位存储,每条读段占4 行,其中第1 行和第3行由文件识别标志和读段名(ID)组成(第1 行以“@”开头而第3 行以“+”开头;第3 行中ID 可以省略,但“+”不能省略),第2 行为碱基序列,第4行为对应的测序质量分数.FastQ数据格转载 2012-05-18 00:28:05 · 2086 阅读 · 0 评论 -
NCBI SRA格式转换
最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式,不再支持*.fastq.gz,因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。转换工具下载地址: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=softwarewindows下进行格式转换:我用的版本是 MS Windows 32 bit转载 2012-06-05 21:43:44 · 12452 阅读 · 1 评论