用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列

最新推荐文章于 2025-02-28 11:19:58 发布
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分类专栏： bioinformatics 文章标签： 工具
本文介绍如何利用NCBI的BatchEntrez工具批量下载序列数据，提供了详细的操作指南和网址。

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用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列

Batch Entrez网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

基因家族进化分析之CDS批量获取
白在宣的博客
03-07 1658
方法来源 https://www.jianshu.com/p/9f96fc7438aa 文件名提取方法参考以下。 https://my.oschina.net/u/2391658/blog/1927707 需要将cds文件和seqid文件放在同一文件夹。 #!/bin/bash b=$(ls *.cds) for j in ${b} do cds=`basename ${j} .cds` echo "We have cds files ${cds}" for i in
生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列
xxxie_的博客
07-11 1945
在《手把手教你生信分析平台搭建专栏》中，我们介绍过利用Aspera快速下载生物数据，例如下载某个物种基因组数据。但是如果想下载来自多个物种的不同基因序列，例如给定一个基因列表list，如何下载到这些序列呢？这就需要用到Batchentrez。 九：批量下载序列Batchentrez https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez 批量下载基因序列有多种...
从NCBI批量下载序列
立身以力学为先，力学以读书为本。 —郑耕老《劝学》
04-10 4926
Three easy ways to download multiple sequences from NCBI There are different ways of how to download multiple sequences from the NCBI databases in a single request.   1) Using the batch Ent
重点介绍 ---- 全蛋白组序列比对 全基因组序列比对 -- 大批量序列比较 -- batch blast
最新发布
cory010的博客
02-28 8万+
两个蛋白组序列文件的比较——可以是全蛋白组测序得到的序列组文件（轻松拿捏）、可以是三代测序得到的蛋白序列组文件{pacbio、纳米孔等三代测序技术}（后者难度稍大，是否能够分析，取决于数据量的大小）（2）可以对某个基因、某个菌株的连续进化进行分析，在蛋白水平描述这种进化的变异程度——对不同代次的序列有不同的编号；多个蛋白序列与全蛋白组的比较——batch blast——对单个蛋白与蛋白组之间的比较进行批量化。单个蛋白与菌株全蛋白组的比较——匹配相似序列的蛋白、匹配对应的功能关系；比如某宝，比如某鱼；
NCBI批量下载序列
hgz2020的博客
08-16 933
NCBI
ncbi批量下载蛋白序列和基因序列
weixin_50180187的博客
11-28 3641
这个包提供根据assession number来批量下载多条序列，如果各位想知道具体用法，可以--h看看功能，我这里就不具体阐述；ncbi虽然有提供批量下载蛋白序列和基因序列的方法，但是一次性最多好像只能下载300条序列，，但是对于我们生信分析来说，有点不够用了，因为平时 可能需要下载几百、上千条序列；这就是批量下载基因序列和蛋白序列得方法了，如果有啥问题，可以留言，我会及时回复得！如果去ncbi下载，得下到猴年马月去，所以果断使用python脚本来获取；我们这里可以看到总共需要300多万的序列；
如何从NCBI上的Gene数据库批量下载基因序列数据
qq_65680034的博客
03-01 1万+
昨天先尝试了python脚本，为了保险起见，先编写了下载一个基因的压缩包数据，后续批量下载只需改一下ID的提供。但是比较有趣的是与官网直接手动下载相比，我编的程序下载的数据刚刚好缺了我最想要的gene.fna数据，也就是做了大半天无用功，真是drama哈哈哈。实现，但是通过Gene和Nucleotide数据库进行检索得到的结果不同，即Gene数据库检索结果不能直接得到fasta序列，它需要手动点击Download Datasets键获得基因数据压缩包，里面包含基因的fasta序列gene.fna文件。
批量下载基因的蛋白质氨基酸序列
weixin_40524793的博客
02-10 1万+
前提：有一批基因（有基因名，转录本编号：NM_xxxx.x，UniprotID），需要下载这些基因的蛋白质氨基酸序列。 过程： 1.根据基因名以及搜索NM编号，可以在NCBI-Gene数据库中NM编号找到对应的NP编号，点击NP编号链接，转到下载氨基酸fasta序列页面。这是下载单个基因的蛋白质序列。 2.这些基因，根据NM编号逐个按照1的方式，查询并记录其对应的NP编号（NM与 NP一一对应的信息，是否能从某数据库中获取？） Uniprot数据库中，可以通过UniprotID批量获取其NP编号（R
生物数据库介绍——NCBI
weixin_30871701的博客
08-30 5311
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser...
常用生物信息学数据库和分析工具网址.pdf
11-13
* Batch Entrez：批量数据库搜索工具。 * Sequence Retrieval System, India：印度生物信息学数据库搜索工具。 这些生物信息学数据库和分析工具网址将为生物信息学研究提供一个强大的资源平台，帮助研究人员快速...
PyPI 官网下载 | eutils-0.0.5-py2.7.egg
02-08
5. **批量请求处理**：通过`batch`方法处理大量请求，避免频繁访问NCBI服务器导致的限制问题。 **注意事项** - 使用`eutils`时，需要注意NCBI对API请求的频率限制，过量请求可能会导致IP被暂时封锁。 - NCBI的...
生物信息学数据挖掘秘籍：NCBI资源深度应用指南
![生物信息学数据挖掘秘籍：NCBI资源深度应用...从NCBI资源的检索、访问到数据分析、序列比对、生物标志物的发现及系统生物学的网络分析等，本文通过详细的操作流程和实例，展示了如何利用这些资源进行高效的数据挖掘
如何大批量下载指定的序列？（转载+重写）
weixin_34318956的博客
05-22 443
转载：http://www.omicshare.com/forum/thread-151-1-3219.html(出处: OmicShare Forum) 1. 准备工作 2. 进入NCBI的Batch Entrez 3. 检索 4. 检查 5. 下载 转载于:https://www.cnblogs.com/steamed-bread/p/5518023.html...
从 NCBI 批量下载基因组文件
Xylonwin的博客
09-02 3628
一个简单的思路通过 Bash 脚本从 NCBI 的 FTP 服务器批量下载基因组文件，无需任何依赖
怎么批量从NCBI上下载基因序列
欢迎来到小迪的CSDN博客！
05-05 5万+
下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其实，NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务。【准备工作】 创建一个需要下载序列AC号的列表文件，每行一个独立
生物序列 批量下载数据
SN的博客
12-23 2135
http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-1024373.html 从NCBI批量下载序列 https://edwards.sdsu.edu/research/ncbi-sequence-or-fasta-batch-download-using-entrez/ Three easy ways to download multiple sequences from ...
如何通过爬虫批量获得具有关键字的NCBI蛋白质序列
qq_23341021的博客
03-31 2008
以关键字“Lysin”为例，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=lysin，我们打开网址发现关于Lysin的蛋白质序列一共有13708页，每页有20条蛋白信息，通过点击FASTA，我们找到了对应蛋白的氨基酸序列，通过尝试不同序列的FASTA，我们发现其url的后缀为其蛋白的Accession号，因此我们只要得到蛋白的Accession号，我们就可以通过网址链接获取蛋白质的氨基酸序列，第一页20条蛋白的Accession号我们可以通过网址链接加...
NCBI数据下载的几种方法
ma1239631998的博客
01-09 1万+
批量下载Genbank中的数据
利用entrez提供的web服务快速下载大批量序列信息
weixin_30800987的博客
10-03 207
首先在ncbi的搜索页面上用关键词进行搜索，确认符合条件的结果数。由于搜索页面上分页显示的，不能一次得到大量的序列信息。要一次得到所有的序列Id，可以使用esearch服务。比如以carabus为关键词搜索nucleotide库。在搜索页面得到的结果数是4000左右，根据初步搜索的结果数，调整下面链接中的retmax参数至比结果数略大或至少相等，这里设为5000。http://eutils.ncb...
PubMed中文手册：免费医学信息检索平台详解
PubMed中文使用手册是一份详细的指南，由美国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心(NCBI)开发，它是一个基于Web的查询平台，隶属于NCBI的Entrez数据库系统。PubMed的核心功能是提供免费访问MEDLINE和PREMEDLINE...
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