install viennarna

最新推荐文章于 2024-05-27 09:45:26 发布
最新推荐文章于 2024-05-27 09:45:26 发布
阅读量2.6k 收藏
点赞数
分类专栏： bioinformatics
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/doudou8486/article/details/6553521
版权

yum install ncbi-blast-2.2.25+-3.x86_64.rpm

 

tar vxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gz

cd ViennaRNA-1.8.5

./configure

make

make install

cd..

rm -rf ViennaRNA-1.8.5

yum localinstall ncbi-blast-2.2.25+-3.x86_64.rpm

yum localinstall --force ncbi-balst-2.2.25+-3.x86_64.rpm

yum install --force ncbi-balst-2.2.25+-3.x86_64.rpm

yum  --force install ncbi-balst-2.2.25+-3.x86_64.rpm

yum install --nogpgcheck ncbi-balst-2.2.25+-3.x86_64.rpm

doudou8486
关注
专栏目录
Vienna-RNA-package
01-06
Very famous RNA predition tools
使用Vienna RNA进行RNA二级结构预测
03-28
RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package 博文链接：https://bbsunchen.iteye.com/blog/1239572
基于RNAfold预测RNA的二级结构（命令行版）
qq_36608036的博客
04-18 7794
RNAfold子程序实质上是封装在ViennaRNA软件包中。 从https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#download网站下载ViennaRNA（version1.8.5）源码包，编译安装。安装过程不再细讲。不会的可参照我之前的博客。 运行以下命令批量预测和绘制RNA二级结构图 /usr/local/bin/RNAfold < test.fa > test.res /usr/local/bin/RNAplot -t 1 -o svg --pre aaa &l
MAC M1 安装ViennaRNA Python模块
weixin_43872061的博客
12-10 2511
MAC M1 安装ViennaRNA Python模块
安装ViennaRNA的perl模块
yuehedou的博客
10-31 1650
这两天安装ViennaRNA的perl模块（在interface的perl目录）时着实遇到了很大的问题。首先运行（./configure）的功能（不要指定--prefix，否则会与cpan中指定的路径冲突）：$ perl Makefile.PL输出如下内容：Generating a Unix-style Makefile.perlWriting Makefile.perl for RNAWriti
ViennaRNA的安装使用
weixin_44719529的博客
11-26 1394
一般需要编译的时候，可以先安装conda环境，安装gcc/g++，安装perl等重要信息.
pip install ViennaRNA 和conda install ViennaRNA有什么区别
06-07
`pip install ViennaRNA` 和 `conda install ViennaRNA` 的区别在于它们使用的软件包管理器不同。 `pip` 是Python的官方软件包管理器，用于安装和管理Python软件包。它可以从Python Package Index (PyPI) 下载和...
pip install viennarna,报错Could not build wheels for ViennaRNA, which is required to install pyproject.toml-based projects
06-08
sudo apt-get install viennarna ``` 2. 如果您正在使用的是Windows系统，则可以从以下网站下载ViennaRNA库的二进制文件并进行手动安装：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#download 3. 如果您已经安装了...
pip install Viennarna 时，ERROR: Could not build wheels for ViennaRNA, which is required to install pyproject.toml-based projects
06-07
4. 如果你使用的是Windows系统，可以尝试在管理员模式下运行CMD，然后执行 `pip install --global-option=build_ext --global-option="-IC:\path\to\ViennaRNA\include" --global-option="-LC:\path\to\ViennaRNA\...
pip install viennarna 报错ERROR: Command errored out with exit status 1: /storage/denghua/anaconda3/bin/python -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-hpz6wp71/viennarna_f1fb31eb4bfd48d7a0f43fb4ae844494/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-hpz6wp71/viennarna_f1fb31eb4bfd48d7a0f43fb4ae844494/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-n63ietq6/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /storage/denghua/anaconda3/include/python3.8/ViennaRNA Check the logs for full command output.
06-08
这个报错可能是由于缺少一些依赖库或者环境配置问题导致的。你可以尝试以下几个步骤： 1. 确认你的pip版本是否是最新的，可以通过 `pip install --upgrade pip` 来升级pip...pip install --no-cache-dir viennarna ```
conda install -c bioconda viennarna=2.4.14 如何添加频道
06-07
如果你使用 `conda install -c bioconda viennarna=2.4.14` 命令时出现错误提示，可能是因为你没有添加bioconda频道。你可以通过以下方式添加bioconda频道： 1. 添加bioconda频道 使用以下命令添加bioconda频道： ...
探索RNA结构的奥秘：ViennaRNA包全面解析与应用推荐
最新发布
gitblog_00082的博客
05-27 627
探索RNA结构的奥秘：ViennaRNA包全面解析与应用推荐 项目地址:https://gitcode.com/ViennaRNA/ViennaRNA 项目介绍 在分子生物学的浩瀚宇宙中，RNA不仅是遗传信息传递的关键角色，还是决定细胞命运和功能的重要因子。ViennaRNA包，作为这一领域的闪耀明星，以其强大的C代码库和一系列独立程序，为RNA二级结构的预测与比对提供了坚实的技术支撑。从最优化...
EMOPEC--ViennaRNA-RNA结构预测
li1guangjun的博客
07-06 432
开源代码时，需要安装一个软件VeinnaRNA，VeinnaRNA有程序包（https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/），也可pip安装（https://pypi.org/project/ViennaRNA/）。在windows中安装上EMOPEC，运行后报错：没有ViennaRNA软件；
如何在Python中调用RNAfold接口，即RNA扩展包
weixin_42080146的博客
09-01 1395
最近在做RNA蛋白质位点结合方向的研究，复现大佬代码的过程中，发现其用到了RNAfold的python接口包，其中主要用到了根据RNA序列生成二级结构的功能。 RNAfold官网 链接: https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html. 根据官网提供的源码包，并未找到对应的RNA扩展包，多方查找浪费了很多时间，针对旧版本1.8.4的生成方式，下方链接是做参考比较多的内容，但这种方式对于旧版本是可以的，对于最新版本是行不通的 链接: http://azaleasays.
2019新冠状病毒学习笔记
热门推荐
zd200572的博客
02-02 1万+
最近这波疫情，重现当年初中非典时期，甚至愈演愈烈，与之前初中时的封校住宿学习不同，已经工作的今天和太多的互联网信息大爆炸让我们有些焦虑，特别是，作为学习生物的人，我们也感到无能为力。官方媒体的科普，已经让大家对这个病毒的具体情况有所了解。我注意到，NJEM也已经把许多文章翻译成了中文版，以正视听。在这个时候，我们不能听信谣言！那么作为有些生物学素养的我们，也应该以自己的知识，学习下这个病毒的信息，...
linux下微生物软件,生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装
weixin_39990660的博客
05-03 1092
一、Linux 安装软件的常用方法：(1)将可执行程序加入环境变量一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。(2)创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下可以视为方法一的另一种...
SCS【22】单细胞转录组之 RNA 速度估计 (Velocyto.R)
weixin_41368414的博客
04-20 1172
桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 GEO 下载及读取SCS【4】单细...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值