池塘春草梦的博客

使用sceasy

空间组学不能没有空间域，就如同蛋白质不能没有结构域。

今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是Annotated Data。

本文介绍了糖酵解反应动力学方程的数值求解方法。通过使用MatLab软件和`ode45`函数，我们可以得到糖酵解反应中各物质浓度随时间的变化。通过绘制曲线，我们可以直观地了解糖酵解反应的动力学特性。

用R语言进行RNA-seq分析

用交联质谱和共分离质谱识别PPI，并用AlphaFold-Multimer预测蛋白相互作用复合体的结构

下载大肠杆菌蛋白互作网络（Ecoli PPI network）数据，使用Python对大肠杆菌蛋白互作网络进行筛选，并使用Cytoscape进行圆形布局可视化。此外，还绘制度分布函数并用幂函数进行拟合。

自然界里，能量时有时无，各种生命为了让自己能够活下去，需要适应环境，在不同的环境合成不同的蛋白质。原核生物体内有很多细胞，细胞里面有很多蛋白质，但是这些蛋白质在这些细胞里的个数（拷贝数）因细胞而异。有的蛋白质的数量在不同的细胞中都相差不大，而有一些则波动很大。我们把变化不大的蛋白质叫做**组成型（constitutive）合成蛋白质**，其合成速率不受环境变化或代谢状态的影响。为什么叫组成？大家想，如果**组成**变了，那细胞不也玩完了。而另一类就是**适应型或调节型（adaptive or reg

对蛋白质的一级、二级和三级结构进行分析和预测、蛋白质的跨膜结构、翻译后修饰、亚细胞定位等进行分析和预测

以GSE46456为例，该实验使用的芯片平台为 GPL198，拟南芥样本基因型包括：野生型、BRI1 单突变型、GUL2单突变型、BRI和 GUL 双突变型，每种基因型设置**三种重复**。研究三种突变型样本与WT野生型样本哪些基因存在显著的差异表达。根据所提供的演示代码和相关文件，请完成以下任务：

使用R包qtl2进行QTL分析、使用软件TASSEL进行GWAS分析

构建隐马科夫模型，使用viterbi算法，推断序列各位点真正的基因型。

义分子类（Molecule）作为基类，包含集合elements和weight作为其属性，用初始化函数，将elements初始化为空集，weight初始化为None；定义AminoAcid类，继承Molecule类，包含composition属性，并初始化为下面的元素字典：{‘C’: 0, ‘H’: 0, ‘O’: 0, ‘N’: 0, ‘S’: 0}；定义calc_mw方法，根据根据字典的元素组成，计算其分子量分别以实例iso和cys为参数，查看各自的返回值，以判定是否同分异构体。

1.使用组装软件SOAPdenovo、canu、Hifiasm分别组装大肠杆菌*Escherichia coli* K12基因组的二代和三代测序数据2.编写程序计算SOAPdenovo组装contig和scaffold序列的N50/L50等组装质量评估指标3.使用基因组比对工具MUMmer比较canu组装的contig序列和hifiasm组装的contig序列，并寻找两者之间的序列差异

用循环、字典等实现，并将频率输出到名为D:\test\frq.txt的文本文件中，且文件的第一行必须是标题行，包含20列，每一列为对应氨基酸的单字母符号，列间用Tab键’\t’分割。

超详细注释，py实现Needleman-Wunch和Smith-Waterman算法，多条回溯路径

水稻抗病基因Xa21有多少条序列具有全长CDS，分别由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？选择修改时间最早的一条序列，指出该基因exon和intron的位置。该基因编码的蛋白质有多少个氨基酸残基？该蛋白质可能位于细胞中哪个位置？是否有三维结构信息？