Python强基计划
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Dream of Grass
花径不曾缘客扫,蓬门今始为君开
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【生信算法】利用HMM纠正测序错误(Viterbi算法的python实现)
构建隐马科夫模型,使用viterbi算法,推断序列各位点真正的基因型。原创 2022-12-17 00:41:29 · 1223 阅读 · 2 评论 -
BioPython ② | 面向对象编程Object Oriented Programming
义分子类(Molecule)作为基类,包含集合elements和weight作为其属性,用初始化函数,将elements初始化为空集,weight初始化为None;定义AminoAcid类,继承Molecule类,包含composition属性,并初始化为下面的元素字典:{‘C’: 0, ‘H’: 0, ‘O’: 0, ‘N’: 0, ‘S’: 0};定义calc_mw方法,根据根据字典的元素组成,计算其分子量分别以实例iso和cys为参数,查看各自的返回值,以判定是否同分异构体。原创 2022-12-08 19:07:15 · 538 阅读 · 2 评论 -
BioPython ① | 统计蛋白序列中20种氨基酸的的个数和频率
用循环、字典等实现,并将频率输出到名为D:\test\frq.txt的文本文件中,且文件的第一行必须是标题行,包含20列,每一列为对应氨基酸的单字母符号,列间用Tab键’\t’分割。原创 2022-11-30 15:31:31 · 1432 阅读 · 1 评论