【生信算法】利用HMM纠正测序错误（Viterbi算法的python实现）

利用HMM纠正测序错误（Viterbi算法的python实现）

问题背景

对两个纯系个体M和Z的二倍体后代进行约~0.05x的低覆盖度测序，以期获得后代个体的基因型，即后代中哪些片段分别来源于M和Z。已知：

1. 后代中基因型为MM、MZ（杂合）和ZZ的比例是0.4:0.2:0.4；（初始概率）

2. 直接通过测序结果判断单个位点的基因型的错误率为3%；（输出概率）

3. 测序获得的M和Z之间的多态性位点相互之间距离恰好一致，重组率均为0.01。（转移概率）

有一个后代的一段染色体，测序获得的109个位点的基因型依次为：

1111111011111101111111000000001000000001000001000000000000001011001010101010111111101111111111101111111011111

其中1表示MM，0表示ZZ。由于低覆盖度测序，杂合位点只能测到其中一个等位基因，因此表现为MM或ZZ。

请构建隐马科夫模型，并推断这段序列各位点真正的基因型。

参考结果：

1111111111111111111111000000000000000000000000000000000000002222222222222222111111111111111111111111111111111

其中1表示MM，0表示ZZ，2表示MZ（杂合）。

五大参数说明

状态集

MM	MZ	ZZ
1	2	0

观测集

m	z
1	0

初始分布

MM	MZ	ZZ
0.4	0.2	0.4

状态转移概率矩阵

重组率表示重组型配子占总配子数的比例，MM→MZ和MM→ZZ加起来应为重组率。
二者在重组类型中的比例则是通过初始分布得到的，即MM:MZ:ZZ=2:1:2。
故相较于论文中转移概率矩阵，调整后如下：

	MM	MZ	ZZ
MM	$1-R$	$\frac{R}{3}$	$\frac{2R}{3}$
MZ	$\frac{R}{2}$	$1-R$	$\frac{R}{2}$
ZZ	$\frac{2R}{3}$	$\frac{R}{3}$	$1-R$

https://doi.org/10.1073/pnas.1005931107

输出概率矩阵

	z	m
MM	$E$	$1-E$
MZ	$\frac{1}{2}$	$\frac{1}{2}$
ZZ	$1-E$	$E$

代码实现

参数设置

import numpy as np

# 转移概率矩阵
A = [[0.99, 0.02 / 3, 0.01 / 3],
     [0.01 / 2, 0.99, 0.01 / 2],
     [0.02 / 3, 0.01 / 3, 0.99]]
# 行列为 MM MZ ZZ
# 输出概率矩阵
B = [[0.03, 0.97],
     [0.5, 0.5],
     [0.97, 0.03]]
# 行为 MM MZ ZZ, 列为 z m
# 初始状态分布
initp = [0.4, 0.2, 0.4]
# 对应着 MM MZ ZZ
# 状态数和状态名
S = 3
S_name = ['1', '2', '0']
# 观察序列
Y = '1111111011111101111111000000001000000001000001000000000000001011001010101010111111101111111111101111111011111'

viterbi实现

# viterbi实现
# 向前计算
Probability = []
Position = []
Position.append([0, 0, 0])
first = []
for i in range(len(initp)):
    first.append(initp[i] * B[i][int(Y[i])])

Probability.append(first)
for i in range(1, len(Y)):
    ProbabilityTemp = []  # 用来存放每一层观察值对应的三种状态概率值
    GetPosition = []
    for j in range(S):
        ProbabilityTemp.append((np.max(np.array(Probability[i - 1]) * np.array(A[j]))) * B[j][int(Y[i])])
        GetPosition.append(np.argmax(np.array(Probability[i - 1]) * np.array(A[j])))
    Probability.append(ProbabilityTemp)
    Position.append(GetPosition)
traceback_idx = np.argmax(np.array(Probability[-1]))
path = [S_name[traceback_idx]]

for i in range(len(Y) - 2, -1, -1):
    path.append(S_name[traceback_idx])
    traceback_idx = Position[i][traceback_idx]
print('程序输出如下：')
print((''.join(path))[::-1])
print('参考答案如下：')
print('1111111111111111111111000000000000000000000000000000000000002222222222222222111111111111111111111111111111111')

程序输出如下：
1111111111111111111111000000000000000000000000000000000000002222222222222222111111111111111111111111111111111
参考答案如下：
1111111111111111111111000000000000000000000000000000000000002222222222222222111111111111111111111111111111111