Python文件读写，自定义分隔符（custom delimiter）

最新推荐文章于 2024-05-20 09:55:13 发布

__孤独患者__

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分类专栏： Python

本文链接：https://blog.csdn.net/dugujian123/article/details/52547183

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本文探讨了在Python中如何处理fastq格式文件，由于标准的换行符不适用，文章提出两种解决方案：一种是利用Python3.x的TextIOWrapper，另一种是使用generator函数。此外，还提到了追求效率的程序员可以考虑使用Cython，但纯C也是一个选项。

摘要由CSDN通过智能技术生成

众所周知，python文件读取文件的时候所支持的newlines（即换行符），是指定的。这一点不管是从python的doucuments上还是在python的源码中（作者是参考了python的io版本，并没有阅读C版本），都可以看出来：

if newline is not None and not isinstance(newline, str):
    raise TypeError("illegal newline type: %r" % (type(newline),))
if newline not in (None, "", "\n", "\r", "\r\n"):
    raise ValueError("illegal newline value: %r" % (newline,))

好吧，问题来了，如果你恰好是个苦逼的生物狗，正在用python处理所谓的fastq格式的测序结果文件，每次只读一行往往不是你想要的。Ok, 我们也都知道其实这个问题在Perl里面十分好解决，无非就是重新定义下文件的分割符（$/,The input record separator, newline by default. Set undef to read through the end of file.）