python路径分隔符_使用python中指定的分隔符逐块读取文件 - python

我有一个这样的input_file.fa文件（FASTA格式）：

> header1 description

data data

data

>header2 description

more data

data

data

我想一次在文件中读取一个块，以便每个块包含一个标头和相应的数据，例如区块1：

> header1 description

data data

data

当然，我可以像这样读取文件并拆分：

with open("1.fa") as f:

for block in f.read().split(">"):

pass

但我想避免将整个文件读入内存，因为文件通常很大。

我当然可以逐行读取文件：

with open("input_file.fa") as f:

for line in f:

pass

但理想情况下，我想要的是这样的东西：

with open("input_file.fa", newline=">") as f:

for block in f:

pass

但是我得到一个错误：

ValueError：非法换行值：>

我也尝试使用csv module，但没有成功。

我确实在3年前找到了this post，它为该问题提供了基于生成器的解决方案，但它似乎并不紧凑，这真的是唯一/最佳的解决方案吗？如果可以用单行而不是单独的函数来创建生成器，就像下面的伪代码那样，那就太好了：

with open("input_file.fa") as f:

blocks = magic_generator_split_by_>

for block in blocks:

pass

如果这不可能，那么我想您可以考虑我的问题与其他帖子的重复，但是如果是这样，我希望人们可以向我解释为什么其他解决方案是唯一的解决方案。非常感谢。

参考方案

此处的一般解决方案是为此编写一个生成器函数，该函数一次生成一组。这是您一次只能在存储器中存储一组。

def get_groups(seq, group_by):

data = []

for line in seq:

# Here the `startswith()` logic can be replaced with other

# condition(s) depending on the requirement.

if line.startswith(group_by):

if data:

yield data

data = []

data.append(line)

if data:

yield data

with open('input.txt') as f:

for i, group in enumerate(get_groups(f, ">"), start=1):

print ("Group #{}".format(i))

print ("".join(group))

输出：

Group #1

> header1 description

data data

data

Group #2

>header2 description

more data

data

data

对于一般的FASTA格式，我建议使用Biopython软件包。

Python sqlite3数据库已锁定 - python

我在Windows上使用Python 3和sqlite3。我正在开发一个使用数据库存储联系人的小型应用程序。我注意到，如果应用程序被强制关闭（通过错误或通过任务管理器结束），则会收到sqlite3错误（sqlite3.OperationalError：数据库已锁定）。我想这是因为在应用程序关闭之前，我没有正确关闭数据库连接。我已经试过了： connectio…从Azure Data Factory执行python脚本 - python

有人可以帮我从Azure数据工厂执行python函数吗？我已经将python函数存储在blob中，并且我试图触发同样的功能。但是我无法做到这一点。请协助。第二，我可以从ADF参数化python函数调用吗？ python参考方案 您可能会发现ADF中的Azure Function Activity概念，它允许您在Data Factory管道中运行Azure F…Python pytz时区函数返回的时区为9分钟 - python

由于某些原因，我无法从以下代码中找出原因：>>> from pytz import timezone >>> timezone('America/Chicago') 我得到：

我想通过反转text_in.txt文件中的单词来生成text_out.txt文件，如下所示：text_in.txt具有两段，如下所示：Hello world, I am Here. I am eighteen years old. text_out.txt应该是这样的：Here. am I world, Hello old. years eighteen a…用大写字母拆分字符串，但忽略AAA Python Regex - python

我的正则表达式：vendor = "MyNameIsJoe. I'mWorkerInAAAinc." ven = re.split(r'(?<=[a-z])[A-Z]|[A-Z](?=[a-z])', vendor) 以大写字母分割字符串，例如：'我的名字是乔。 I'mWorkerInAAAinc”变成…