F1R2 和 F2R1 的定义

双端测序简介

在双端测序中，每个 DNA 片段的两端都会被测序，生成两个读取（Reads），分别称为 Read 1 (R1) 和 Read 2 (R2)。对于链特异性文库，这两个读取不仅包含序列信息，还携带了关于原始转录本链方向的信息。

F1R2 和 F2R1 的定义

F1R2

含义：表示第一个读取（Forward Read 1, R1）是从正链（+ strand）测序而来，而第二个读取（Reverse Read 2, R2）是从负链（- strand）测序而来。
应用场景：当构建链特异性文库时，F1R2 是指 R1 来自正链，R2 来自负链。这种情况在某些文库构建方法（如 Illumina TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit）中很常见。

F2R1

含义：表示第二个读取（Forward Read 2, R2）是从正链（+ strand）测序而来，而第一个读取（Reverse Read 1, R1）是从负链（- strand）测序而来。
应用场景：当构建链特异性文库时，F2R1 是指 R2 来自正链，R1 来自负链。这种情况在其他文库构建方法（如 NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit）中可能出现。

链特异性文库的重要性

链特异性文库能够保留原始转录本的链信息，这对于基因表达分析非常重要。例如，在反义转录本、重叠基因和可变剪接等研究中，了解转录本的链方向可以提供更准确的数据解读。

实际应用示例

假设你使用的是 Illumina TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit：

• F1R2：
  R1 从正链开始测序。
  R2 从负链开始测序。
  这种情况下，R1 和 R2 分别反映了转录本的 5’ 端和 3’ 端。

如果你使用的是 NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit：

• F2R1：
  R2 从正链开始测序。
  R1 从负链开始测序。
  这种情况下，R2 和 R1 分别反映了转录本的 5’ 端和 3’ 端。
  数据处理中的注意事项
  在处理链特异性文库的测序数据时，必须考虑读取的方向性。许多工具和软件（如 STAR、HISAT2、Salmon 等）都支持链特异性比对，并且允许指定读取的方向性（F1R2 或 F2R1）。确保在比对和定量过程中正确配置这些参数，以获得准确的结果。

总结

F1R2：R1 从正链测序，R2 从负链测序。
F2R1：R2 从正链测序，R1 从负链测序。