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RSS订阅原创 对 fastq 和 bam 进行 downsample
每次读取被保留的概率为P，因此，使用完全相同的输入以相同的顺序和RANDOM_SEED的相同值执行的运行将产生相同的结果。其次，比较了两个重复之间的一致性，发现设置相同的随机种子和频率时，得到的两个文件完全一致，MD5检验值相同。最后，比较了时间上的差异，采用相同的计算资源，Picard要比samtools至少节约80%的时间。可以指定一个整数提取一定数目的reads，也可以指定一个小数提取一定比例的reads。–ACCURACY/-A, 算法的精度，误差尽可能保证在该精度范围，默认1e-4。
2023-09-08 14:28:17
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原创 Rust 学习记录-注意事项
Rust 的数值上可以使用方法. 例如你可以用以下方法来将 13.14 取整：13.14_f32.round()，在这里我们使用了类型后缀，因为编译器需要知道 13.14 的具体类型整型溢出比如在 u8 的情况下，256 变成 0，257 变成 1，依此类推。当在 debug 模式编译时，Rust 会检查整型溢出，若存在这些问题，则使程序在编译时 panic(崩溃,Rust 使用这个术语来表明程序因错误而退出)。
2023-09-07 14:01:41
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原创 rust 中实用转换
4、int：int的数据范围为－2147483648～＋2147483647［－2＾31～2＾31－1］。3、u32：u32的数据范围为0＋2147483647[02^32-1]。2、u16：u16的数据范围为0～＋65535［0～2＾16－1］。1、u8：u8的数据范围为0～＋127［0～2＾8－1］。2、u16：u16的内存占用空间大小为占用两个字节。3、u32：u32的内存占用空间大小为占用四个字节。4、int：int的内存占用空间大小为占用八个字节。1、u8：u8的内存占用空间大小为只占一个字节。
2023-09-07 14:00:57
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原创 C++ 学习记录：make cmake的关系
可以是手动 g++ 挨个执行，但由于每次手动太麻烦，所以有了Makefile。（类似于makeflow、nextflow、WDL等流语言）由于手动写Makefile 太过于繁琐，所以，使用cmake 来生成 Makefile（内容很多）。再用make 来编译。需要 CMakeLists.txt 文件支持。CMakeLists.txt 示例。make 使用于编译链接程序。依赖 Makefile 文件。执行 cmake
2023-07-20 14:19:21
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原创 Linux 中 shell条件判断if中的 -a到-z 的含义
如果 FILE 存在则为真。如果 FILE 存在且是一个块特殊文件则为真。如果 FILE 存在且是一个字特殊文件则为真。如果 FILE 存在且是一个目录则为真。如果 FILE 存在则为真。如果 FILE 存在且是一个普通文件则为真。如果 FILE 存在且已经设置了SGID则为真。如果 FILE 存在且是一个符号连接则为真。如果 FILE 存在且已经设置了粘制位则为真。如果 FILE 存在且是一个名字管道(F如果O)则为真。如果 FILE 存在且是可读的则为真。如果 FILE 存在且大小不为0则为真。
2023-04-13 10:22:58
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原创 python 填充Word文档模板 循环填充表格、图片 docxtpl、 jinja2
样本评分：{{ items.score }} 样本面积：{{ items.sample_area }}mm2 目标面积：{{ items.target_area }}mm2。名称 样本面积 目标面积 样本评分。
2023-04-11 20:13:21
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原创 insert size、fragment、 inner 的解释，Filter BAM/SAM files by insert size
SAM 文件的第九列，即观察到的模板 LENgth （TLEN），可用作fragment 长度的近似值。这是近似值.
2023-04-04 17:02:33
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原创 Perl 哈希的排序-- key 按照 int 作为数字排序
两种排序都是将哈希的key进行排序，前一种是按照key的大小来对key进行排序，后一种是按照value的大小对key进行排序。（两种都是对 KEY 进行排序）问题在于，如果key 是 int，排序时仍是按照字符串排序的。
2023-04-04 16:47:27
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原创 vscode配置perl 调试环境
可能会报错 LanguageServer 不在环境中。左侧无变量显示，安装包 PadWalker。会在个人用户目录下创建 perl5 目录。如果有上述报错，按照下面步骤在操作。
2023-03-10 17:21:27
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原创 VSCode rust-analyzer failed to load workspace: can‘t find Cargo.toml 或could not find Cargo.toml
VSCode 在的 rust-analyzer插件时报错。
2023-02-23 10:24:01
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原创 postgreSQL 操作 教程
— 得到所有用户自定义表的名字（这里"tablename"字段是表的名字，"schemaname"是schema的名字。在PostgreSQL中，一个表可以从0个或多个表继承，一次查询可以查询到某个表中的所有行，或者这个表和这个表所有子表的所有行，默认为后者。postgres=# \encoding // 显示客户端的字元集。// 显示客户端的字元集。// 显示服务器的字元集。// 精细显示SQL命令中的select命令的使用方法。
2023-02-03 11:46:51
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原创 perl语言中 fork()、exec()、waitpid() 、 $? ＞＞ 8 组合
@[TOC](perl语言中 fork()、exec()、waitpid() 、 $? >> 8 组合)示例：waitpid()$? >> 8组合使用参考https://www.jc2182.com/perl/perl-fork-func.htmlhttps://blog.csdn.net/holden_liu/article/details/100174792https://blog.csdn.net/zjwson/article/details/5333......
2022-06-16 14:57:05
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原创 shell 判断字符串长度
shell 判断字符串长度iput=123if [ ${#input} -eq 5 ];then echo "5"else echo "other"fi
2022-05-07 10:48:10
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空空如也
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