R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

背景介绍

单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA），是GSEA方法的扩展，计算每个样本和基因集配对的富集分数。每个ssGSEA富集评分代表了样本中特定基因集的成员被协调上调或下调的程度

代码

0. 设置工作目录，加载需要的包

setwd('D:\\Desktop\\GEO分析\\GSE1991')
rm(list=ls())

1. 读取 TPM 表达矩阵数据，或表型数据

https://blog.csdn.net/dujidan/article/details/128321593

a <- read.table('data_tpms.xls',
                header = T)
                # ,row.names=1)#读取已经下载好的补充的表达矩阵压缩文件
a[1:4,1:4]

#去掉基因名，得到纯粹的表达矩阵raw_data
raw_data<- a[,-1]
raw_data[1:4,1:4]

###读取表型信息
pheno <- read.csv(file = 'GSE1991_series_matrix.txt')
# 获取Sample_title Sample_characteristics, 标本名称、样本编号 进行处理，替换为P
# pheno <- data.frame(num1 = strsplit(as.character(pheno[42,]),split='\t')[[1]][-1],
#                     num2 = gsub('patient: No.','P',strsplit(as.character(pheno[51,]),split='\t')[[1]][-1]))

2. 数据处理

####数据过滤，把表达量和为0的基因去掉（去O)
data<- a[!apply(raw_data,1,sum)==0,]
####去除重复基因名的行，归一化
data$median=apply(data[,-1],1,median)#计算每行的中位数，添加到 data数据中
data[1:4,1:4]

data