同步辐射XAFS软件——Demeter包括（Artemis、Athena和Hephaestus）安装教程，以及数据导入教程！...

元素魔方科研服务

于 2024-09-27 17:04:50 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/e_magic_cube/article/details/142605478

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为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件，因此我做了一个往期软件目录，点击蓝色字体即可链接对应文章！

软件名称	主要功能
HighScore3.0.5+	XRD数据分析工具
Thermo Avantage	XPS数据分析工具
MDI Jade 6.5	XRD数据分析
LabSpec	拉曼光谱分析
MestReNova 14‍	核磁共振NMR数据处理
Image J	科研图像处理工具
CasaXPS	XPS数据分析‍
RasMol 2.7.5.2	观察生物分子微观结构
Nano Measurer 1.2.5‍	纳米颗粒粒度分析软件
Diamond‍	原子水平晶体结构可视化
Endnote‍	文献管理软件
Origin‍	数据分析工具
3Dsmax‍	三维建模和渲染软件
DigitalMicrograph3.5‍	电镜图像分析软件
CrystalMaker‍	晶体分子结构图绘制软件
Peakfit	非线性拟合软件‍
olex2	晶体结构解析软件
Outotec HSC Chemistry‍	热化学分析软件
omnic‍	红外数据分析软件
AutoCAD	科研绘图软件
Materials Studio	分子材料计算模拟软件
Multipak	XPS和AES数据分析软件
Xcalibur‍	质谱数据分析软件
Mercury	观察晶体结构软件
Nanoscope Analysis	AFM数据处理软件
Image Pro Plus	图像分析软件
ZSimpWin	阻抗谱拟合软件
Masshunter	质谱采集分析软件
Cytoscape	生物信息分析软件
CrysTBox	TEM数据分析软件

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软件介绍
安装教程
使用教程

软件下载

[软件名称]：Demeter

[安装环境]：Win11/Win10/Win9/Win8/Win7

[系统位数]：64位

[软件类型]：同步辐射XAFS软件

[下载链接]：公众号回复【Demeter】

软件资源链接及软件解压密码

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回复【Demeter】获取

（ps: 复制括号内红色的关键词回复，不要手动输入，如空格或字母大小写会影响关键词的软件推送）

软件介绍

Demeter 是同步辐射光谱技术数据处理的软件，由 Bruce Ravel 教授发布且免费的数据处理工具，有三部分组成：Athena，Artemis 和 Hephaestus组成，其中 Athena 主要功能是对实验数据的处理得到 XANES 和 EXAFS；Artemis 是对 EXAFS 数据进行拟合得到配位数等一系列信息；Hephaestus 是与同步辐射实验相关的数据库。其中，Athena 是最重要的。除得到并展示 XANES 和 EXAFS 数据以外，还可以进行线性拟合、主成分分析等更高阶的数据处理。

安装教程

注意事项

①解压安装包和软件安装时，关闭杀毒软件，否则安装文件容易被误删除；

②安装软件时，要右击压缩包，把压缩包解压出来，不要直接双击压缩包；

③安装包及软件安装路径，最好是英文或数字，如有中文路径，容易报错；

1.下载安装包，并解压安装包

2.打开解压后的文件夹，鼠标右击“demeter”，选择【以管理员身份运行】。

3.点击“Next”

4.点击“I accept...”，再点击“Next”

5.把C改成D,再点击“Next”

6.点击“Next”

7.点击“Next”

8.点击“Install”

9.正在安装

10.点击“Next”

11.点击“Finish”

12.桌面生成三个图标

数据导入教程

打开软件后，可以看到软件在 Main window窗口下大致可以分为左右两区域：左为参数区，右为数据展示区。

在左方的参数设置区域，从上到下分别是：

1. Main window （主窗口）：用于切换不同的数据处理功能；

2. Current Group （当前数据）：包含数据路径，对应的元素 (Element) ，边 (Edge) 和能量移动值 (Energy Shift) 等基本信息；

3. Normalization and background removal parameters （归一化和背景移除参数）：对原始数据的基本处理得到XANES 和 k 空间图像；

4. Forward Fourier transform parameters （傅里叶变换参数）：从 k 空间到 R 空间变换；

5. Back Fourier transform parameters （反傅里叶变换参数）：从 R 空间到 q 空间变换；

6. Plotting parameters （画图参数）：对图像展示进行放大或缩小等。

右方空白部分是数据所在的几何位置，右下方用于不同形式的数据展示。

▲图 2. Athena 主界面。

注：以下演示数据来源于 Demeter 官网教程，由 Bruce Ravel 教授提供。下载地址：http://bruceravel.github.io/XAS-Education/。

数据处理的第一步就是数据导入，需要注意：XAFS数据名称中同样不可以有非英文字符，存储路径中也不可以，后续的保存数据也不可以！

1、双击Athena软件，出现如下界面：

2、点击File，随后点击import data，选取要导入的数据，点击打开。

3、如下图所示，此时需要选择能量和吸收系数列。在此之前，我们再学习下XAFS透射测试的基本公式：

其中I₁是后电离室的光子数，I₀是前电离室的光子数。

变种之后可以获得：

对于荧光模式：

其中If是荧光探测器的光子数。因此我们需要首先知道数据的测试信息，包括测试模式，哪一列是能量，哪一列是前电离室强度等。以下图中Fe箔XAFS数据为例，通过透射模式采集，其第二列是能量，第三列是I0，第四列是I1。所以Energy选择第二列，Numerator（分子）选择第三列，Denominator（分母）选择第四列，同时需要勾选上Natural log（自然对数）。也可以通过界面中下方的的m(E)公式实时观察选取参数的正确与否。同时在选取好分子之后，会自动显示图像，也可以根据图像选择参数。

同时注意Data type和Energy unit（能量单位），有的线站可能采用keV作为能量单位。

4、对于使用Lytle探测器荧光数据选择，如下图所示，分子选择I1，分母选择I0，但注意此时不要勾选自然对数选项。

5、对于使用固体探测器测得的荧光数据，如下图，分母选择I0，分子则选择相关的计数通道，请注意此时有些通道是不合理的，需要避免勾选。

6、在线站采集的数据中，一般都会根据采集的模式自动计算好了一列数据，在导入的时候选好能量列，选择计算好的数据列为分子，不勾选自然对数即可。以上海光源BL14W1线站的Fe箔透射XAFS数据为例，在第五列中直接算好了透射模式下的吸收系数，如下图：

7、讲到这里相信大家也已经掌握了主要的数据导入流程。此时，若有国外光源的一组数据，再按照上述的方法导入，突然发现报错了或者导入不了，这是什么原因呢？这是因为不同的光源的数据模式不一样。我们可以这样做：双击Athena之后，打开界面中的main window，选择Plugin registry，然后选择相关光源、线站的名称，然后再导入即可。对于一般数据，选择PFBL12C即可。