生信分析—R语言报错：aggregate函数

aggregate函数去重复时报错如何处理？

代码如下

stad.fkpm.pro.1 <- aggregate(stad.fkpm.pro, list(stad.fkpm.pro$gene), FUN=sum)

运行后报错，提示

Error in FUN(X[[i]], ...) : invalid 'type' (character) of argument

直白的翻译就是在进行FUN(X[[i]]，…)时，数据框中包含无效的参数'类型'(字符)

打开stad.fkpm.pro.1，发现第一列为gene，因此FUN=sum时，需要除外gene这一列

修改代码为

stad.fkpm.pro.1 <- aggregate(stad.fkpm.pro[, 2:ncol(stad.fkpm.pro)], list(stad.fkpm.pro$gene), FUN=sum)

运行成功