生信学习——生信人的20个R语言习题（上）（附详细答案解读）

写在前面——这次的R语言习题比上次的中级题目做起来舒服一些。花了四五天的时间整理了一下，因为题目太长，所以划分成两篇文章来写。不过还有地方不明白，先挖个坑，之后来填。需要代码文件的私信我即可。

题目原文：http://www.bio-info-trainee.com/3409.html
参考答案：https://www.jianshu.com/p/dd4e285665e1 https://www.jianshu.com/p/dd4e285665e1
参考答案：https://www.jianshu.com/p/c62cbb9e1a2e
下篇指路：https://blog.csdn.net/narutodzx/article/details/119775994

1. 安装一些R包。

数据包： ALL, CLL, pasilla, airway
软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler
工具包：reshape2
绘图包：ggplot2
不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor系列包。

# R包的安装一般分为两种

# 1.对于bioconductor的安装。可在下面的网站中查询包是否属于bioconductor系列
# https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c('ALL','CLL','pasilla','clusterProfiler')) 
BiocManager::install(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))

# 2.对于普通包的安装
install.packages("reshape2", "ggplot2")

​

2. 了解ExpressionSet对象，比如CLL包里面就有data(sCLLex)，找到它包含的元素，提取其表达矩阵(使用exprs函数)，查看其大小。

1. 参考：http://www.bio-info-trainee.com/bioconductor_China/software/limma.html
2. 参考：https://github.com/bioconductor-china/basic/blob/master/ExpressionSet.md

文章地址：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc/ExpressionSetIntroduction.pdf

ExpressionSet 类旨在将多个不同的信息源组合到一个方便的结构中。 
ExpressionSet 可以方便地操作（例如，子集化、复制），并且是许多 Bioconductor 函数的输入或输出。

ExpressionSet类包含：
assayData：微阵列表达数据
phenodata：实验样本的描述
featuredata：实验所用芯片或技术的特点
annotation：注释信息
experimentData：描述实验的一种灵活结构

suppressPackageStartupMessages(library(CLL))
data("sCLLex")
sCLLex

# 获得表达矩阵
exprSet <- exprs(sCLLex)
class(exprSet)
dim(exprSet)

#查看样本编号
sampleNames(sCLLex) 
#查看所有表型变量
varMetadata(sCLLex) 
#查看基因芯片编码
featureNames(sCLLex)[1:100] 

# 取sCLLex中phenoData中的data
pdata <- pData(sCLLex)
group_list <- as.character(pdata[,2])
table(group_list)

​

3. 了解 str,head,help函数，作用于第二步提取到的表达矩阵。

# 展示内部结构
str(exprSet)

# 默认展示前6行
head(exprSet)

# 提供帮助文档
help("sCLLex")

4. 安装并了解hgu95av2.db包，看看ls(“package:hgu95av2.db”)后显示的那些变量。

# 使用bioconductor系列包的安装方法
BiocManager::install("hgu95av2.db")
suppressPackageStartupMessages(library(