卡方检验

今天使用CrossTable生成列联表时，遇到了一个问题，这里记录一下

library(vcd)
library(gmodels)
CrossTable(Arthritis$Treatment, Arthritis$Improved)

得到的结果是

   Cell Contents
|-------------------------|
|                       N |
| Chi-square contribution |
|           N / Row Total |
|           N / Col Total |
|         N / Table Total |
|-------------------------|

 
Total Observations in Table:  84 

 
                    | Arthritis$Improved 
Arthritis$Treatment |      None |      Some |    Marked | Row Total | 
--------------------|-----------|-----------|-----------|-----------|
            Placebo |        29 |         7 |         7 |        43 | 
                    |     2.616 |     0.004 |     3.752 |           | 
                    |     0.674 |     0.163 |     0.163 |     0.512 | 
                    |     0.690 |     0.500 |     0.250 |           | 
                    |     0.345 |     0.083 |     0.083 |           | 
--------------------|-----------|-----------|-----------|-----------|
            Treated |        13 |         7 |        21 |        41 | 
                    |     2.744 |     0.004 |     3.935 |           | 
                    |     0.317 |     0.171 |     0.512 |     0.488 | 
                    |     0.310 |     0.500 |     0.750 |           | 
                    |     0.155 |     0.083 |     0.250 |           | 
--------------------|-----------|-----------|-----------|-----------|
       Column Total |        42 |        14 |        28 |        84 | 
                    |     0.500 |     0.167 |     0.333 |           | 
--------------------|-----------|-----------|-----------|-----------|

这个Chi-square contribution是怎么算出来的呢？

如Placebo/None单元的值为2.616，计算是通过43*42/84=21.5得到理论次数，29为观察次数，2.616=(29-21.5)^2/21.5

具体理论可以参考如下文章

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第八章 记数数据统计法—卡方检验法

知识引入

在各个研究领域中，有些研究问题只能划分为不同性质的类别，各类别没有量的联系。例如，性别分男女，职业分为公务员、教师、工人、……，教师职称又分为教授、副教授、……。有时虽有量的关系，因研究需要将其按一定的标准分为不同的类别，例如，学习成绩、能力水平、态度等都是连续数据，只是研究者依一定标准将其划分为优良中差，喜欢与不喜欢等少数几个等级。对这些非连续等距性数据，要判别这些分类间的差异或者多个变量间的相关性方法称为计数数据统计方法。

　　卡方检验是专用于解决计数数据统计分析的假设检验法。本章主要介绍卡方检验的两个应用：拟合性检验和独立性检验。拟合性检验是用于分析实际次数与理论次数是否相同，适用于单个因素分类的计数数据。独立性检验用于分析各有多项分类的两个或两个以上的因素之间是否有关联或是否独立的问题。　　

　　在计数数据进行统计分析时要特别注意取样的代表性。我们知道，统计分析就是依据样本所提供的信息，正确推论总体的情况。在这一过程中，最根本的一环是确保样本的代表性及对实验的良好控制。在心理与教育研究中，所搜集到的有些数据属于定性资料，它们常常是通过调查、访问或问卷获得，除了少数实验可以事先计划外，大部分收集数据的过程是难于控制的。例如，某研究者关于某项教育措施的问卷调查，由于有一部分教师和学生对该项措施存有意见，或对问卷本身有偏见，根本就不填写问卷。这样该研究所能收回的问卷只能代表一部分观点，所以它是一个有偏样本，若据此对总体进行推论，就会产生一定的偏差，势必不能真实地反映出教师与学生对这项教育措施的意见。因此应用计数资料进行统计推断时，要特别小心谨慎，防止样本的偏倚性，只有具有代表性的样本才能作出正确的推论。

第一节   卡方拟合性检验

一、卡方检验的一般问题

　　卡方检验应用于计数数据的分析，对于总体的分布不作任何假设，因此它又是非参数检验法中的一种。它由统计学家皮尔逊推导。理论证明，实际观察次数（f_o）与理论次数（f_e），又称期望次数）之差的平方再除以理论次数所得的统计