UVA-1368 DNA Consensus String

2016-07-11

UVA-1368 DNA Consensus String

题目大意：输入 m 个长度均为 n 的 DNA 序列，求一个 Hamming 距离最小的序列，即最相似的序列，多解要求字典序最小。并输出距离。Hamming 距离等于字符不同的位置个数。

解题思路：将DNA序列存储在二位数组中，对每一列进行统计，直接输出出现次数最多的字符，并记录其他字符的个数。

#include <iostream>
#include <string.h>
using namespace std;

int main () {
    char DNA[500][1000];
    int a;
    cin >> a;
    while ( a-- ) {
        int m , n;
        char re[1000];
        memset ( re, '\0', sizeof(re));
        int sum = 0;
        cin >> m >> n;
        for ( int i = 0; i < m; i++) 
            for ( int j = 0; j < n; j++) 
                cin >> DNA[i][j];
        for ( int j = 0; j < n; j++) {
            int a[4];
            memset ( a, 0, sizeof(a));
            for ( int i = 0; i < m; i++) 
                switch ( DNA[i][j] ) {
                    case 'A':    a[0]++;    break;
                    case 'C':       a[1]++;    break;
                    case 'G':       a[2]++;    break;    
                    case 'T':       a[3]++;    break;
                }
            int max = a[0];
            int temp = 0;
            for ( int i = 1; i < 4; i++) 
                if ( max < a[i] ) {
                    max = a[i];
                    temp = i;
                }
            sum += (m - max);
            switch ( temp ) {
                case 0:          re[j] = 'A';    break;
                                case 1:       re[j] = 'C';    break;
                                case 2:       re[j] = 'G';    break;
                                case 3:       re[j] = 'T';    break;
            }
        }
        cout << re << endl << sum << endl;
    }
    return 0;
}