DL_POLY安装
参考https://ccp5.gitlab.io/dlpoly-setup/
- 安装DL_POLY软件包时需要Cmake,其中Cmake的版本至少是Cmake3.0.2,目前版本Cmake2需要升级
安装所需条件
- 在升级Cmake版本时(bootstrap环节)需要支持C11标准的gcc编译器(高于4.8),目前版本4.4.7
- 于是升级了gcc到9.1版本,安装在/usr/local/gcc目录下
(参考https://blog.csdn.net/weixin_42090356/article/details/90678158)
- 安装完毕截图如下
- 然后安装cmake,参考https://blog.csdn.net/zhonglongshen/article/details/87185690?utm_medium=distribute.pc_relevant_download.none-task-blog-baidujs-1.nonecase&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_download.none-task-blog-baidujs-1.nonecase
- 直接执行Cmake时出现问题(./bootstrap时):
缺少库GLIBCXX_3.4.14, GLIBCXX_3.4.18,…与CXXABI_1.3.5
解决办法:https:/ /blog.csdn.net/tan88881111/article/details/80104346
$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX
(查看目前GLIBCXX)
$ strings /usr/local/lib/../lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX
(找刚装的gcc中的GLIBCXX)
- 可以看到缺少的GLIBCXX库的各版本都在这里,把最新的动态库链接到正确的地方就可以。
cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64/
注意:这里的libstdc++.so.6.0.26是最新的动态库,与下面保持一致
cd /usr/lib64/
rm -f libstdc++.so.6
(删除原有的链接)
ln -s libstdc++.so.6.0.26 libstdc++.so.6
(建立新的软链接)
ll libstdc*
(查看是否链接成功)
这里出现的第三条表示链接成功
然后执行./bootstrap
可以看到已经bootstrapped
接着进行gmake
make install
出现错误
Install the project...
-- Install configuration: "Release"
CMake Error at Source/kwsys/cmake_install.cmake:46 (file):
file cannot create directory: /usr/local/doc/cmake-3.20/cmsys. Maybe need
administrative privileges.
Call Stack (most recent call first):
cmake_install.cmake:47 (include)
make: *** [install] Error 1
应该是没有权限的原因,根据cmake默认安装的位置在usr创建目录,普通用户无法实现,使用root账号即可解决。再试一遍make install即可安装成功。
再执行DL_POLY的cmake编译
cmake ../ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
出现错误
两条错误:
- 当前的CMakeCache.txt 文件路径和编译文件记录的CMakeCache.txt 路径不一样。
- CMakeLists.txt 文件路径原有记录和现在不一样。
改成自己目录路径
export DL_POLY=/home/ywang/app/dl_poly_4.10.0
export PATH=/usr/local/gcc/gcc-9.1.0/gcc
缺少支持GNU的编译器,查看gfortran的版本为gcc4.4.7
需要升级gfortran版本,由于之前已经安装过gcc,这里补充环境变量设置
未完、
https://blog.csdn.net/tanshiqian/article/details/109226255