2021-05-13

DL_POLY安装

参考https://ccp5.gitlab.io/dlpoly-setup/

1. 安装DL_POLY软件包时需要Cmake，其中Cmake的版本至少是Cmake3.0.2，目前版本Cmake2需要升级

安装所需条件

1. 在升级Cmake版本时（bootstrap环节）需要支持C11标准的gcc编译器（高于4.8），目前版本4.4.7
2. 于是升级了gcc到9.1版本，安装在/usr/local/gcc目录下

（参考https://blog.csdn.net/weixin_42090356/article/details/90678158）

1. 安装完毕截图如下

1. 然后安装cmake，参考https://blog.csdn.net/zhonglongshen/article/details/87185690?utm_medium=distribute.pc_relevant_download.none-task-blog-baidujs-1.nonecase&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_download.none-task-blog-baidujs-1.nonecase
2. 直接执行Cmake时出现问题（./bootstrap时）：

缺少库GLIBCXX_3.4.14, GLIBCXX_3.4.18,…与CXXABI_1.3.5

解决办法：https:/ /blog.csdn.net/tan88881111/article/details/80104346

$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX

（查看目前GLIBCXX）

$ strings /usr/local/lib/../lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX

（找刚装的gcc中的GLIBCXX）

1. 可以看到缺少的GLIBCXX库的各版本都在这里，把最新的动态库链接到正确的地方就可以。

cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64/

注意：这里的libstdc++.so.6.0.26是最新的动态库，与下面保持一致
cd /usr/lib64/
rm -f libstdc++.so.6

（删除原有的链接）
ln -s libstdc++.so.6.0.26 libstdc++.so.6

（建立新的软链接）

ll libstdc*

（查看是否链接成功）

这里出现的第三条表示链接成功

然后执行./bootstrap

可以看到已经bootstrapped

接着进行gmake

make install

出现错误

Install the project...

-- Install configuration: "Release"

CMake Error at Source/kwsys/cmake_install.cmake:46 (file):

  file cannot create directory: /usr/local/doc/cmake-3.20/cmsys.  Maybe need

  administrative privileges.

Call Stack (most recent call first):

  cmake_install.cmake:47 (include)

 

 

make: *** [install] Error 1

 

应该是没有权限的原因，根据cmake默认安装的位置在usr创建目录，普通用户无法实现，使用root账号即可解决。再试一遍make install即可安装成功。

再执行DL_POLY的cmake编译

cmake ../ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

出现错误

两条错误：

1. 当前的CMakeCache.txt 文件路径和编译文件记录的CMakeCache.txt 路径不一样。
2. CMakeLists.txt 文件路径原有记录和现在不一样。

 

改成自己目录路径

export DL_POLY=/home/ywang/app/dl_poly_4.10.0

 

export PATH=/usr/local/gcc/gcc-9.1.0/gcc

缺少支持GNU的编译器，查看gfortran的版本为gcc4.4.7

需要升级gfortran版本，由于之前已经安装过gcc，这里补充环境变量设置

未完、

https://blog.csdn.net/tanshiqian/article/details/109226255