Task4 | 方差分析 | 二氧化碳吸收量与浓度和地区的关系

1 文章介绍及背景

1.1 数据获取

• 本次录屏的视频。（TAT早就录好了但是忘记放链接了…）
• 本次录屏数据来自The Statistical Analysis of Ecophysiological Response Curves Obtained from Experiments Involving Repeated Measures，数据可以从R中的CO2数据包中获取主要内容是对来自Quebec（魁北克）和Mississippi（密西西比）的6种植物的CO2吸收进行测量，测量在7个水平下的CO2浓度种进行。在进行实验之前，每一种类型的植物都有一半被冷冻（chilled）了一夜，一半无操作（nonchilled）。

1.2 导出R自带数据

变量名	含义	备注
Plant	标记每种植物	有Qn1,Qn2,Qn3等12个水平
Type（后面调整为populations）	被试间因素，植物的归属地	有Quebec（魁北克）和Mississippi（密西西比）等2个水平
Treatment	被试间因素，植物是否被提前冷冻	有chilled和nonchilled等2个水平
conc	被试内因素，二氧化碳的浓度	单位mL/L，共有95/175/250/350/500/675/1000等7个水平
uptake	因变量，二氧化碳的吸收率	单位mol/m^2/s

CO2
str(CO2)
write.csv(co2,"D:/co2.csv")

可以看到数据是long数据，共有1227=84条数据需要进行长宽数据的转换。

1.3 long-wide数据转换

采用R中reshape包中的cast函数（long转wide)。如果wide转long，则采用melt函数进行融合。

library(foregin)
library(reshape)
co2<-CO2
co2$value<-co2$uptake
co2$uptake<-NULL 
(co2_wide<-cast(co2,Plant+Type+Treatment~conc))
write.csv(co2_wide,"D:/co2_wide.csv")

转换成为12条数据。

1.3 任务介绍

从osf.io或任何开放数据集寻找一份被试内与被试间混合设计的数据：

1. 在SPSS中复现方差分析表。
2. Excel中演示各交互项结果的（未标准化）置信区间解读。

2 SPSS操作

2.1 操作过程

• 重复测量方差分析：Alt-A-G-R
• 被试内因素：CO浓度
• 被试间因素：Populations、Treatment
  

2.2 结果

2.2.1 sphericity（球形）条件检验

Mauchly检验不通过，即拒绝零假设即方差齐性假设，p=0.027。可以采用Greenhouse-Geisser校正方法得出的结果或者MANOVA(Field, 2009, p. 461)。原论文中分别采用MANOVA和GG矫正两种不同的方法。

2.2.2 方差分析表（ANOVA using repeated-measures）

①组间因素
Populations和Treatment的主效应和交互作用显著。

②组内因素
采用GG校正，CO2的主效应显著，CO2与Populations和Treatment的二阶交互作用、三阶交互作用均显著。
校正只发生在自由度，导致MS和p值变化，但不改变SS与F，F的分母由参与其中的被试内因素决定。

③组间比较
contrast选项中将CO2变量change为repeated获得。

④原论文中的方差分析表

3 Excel中复现方差分析表

3.1 分解各部分方差

根据SPSS方差分析表中几部分进行分解:

• M
• 主效应：Populations、Treatment、CO2
• 二阶交互：Populations * Treatment、Treatment * CO2、CO2*Populations
• 三阶交互：Populations * Treatment * CO2

3.2 求解SS

• Excel中的DevSq函数。

3.3 求解F值和sig.

F = M S / d f M S e