window10解决SimpleITK无法调用ImageJ的问题

本文介绍了在Window10系统中,如何解决使用SimpleITK时无法调用ImageJ的问题。详细步骤包括ImageJ的安装与配置、Python解释器的选择、环境变量设置等,最终确保在Jupyter Notebook中能正常运行。
摘要由CSDN通过智能技术生成

今天各种探索,终于解决了window系统SimpleITK无法调用ImageJ的问题,放在这里与大家分享,希望对大家有所帮助!

本人所使用的软件有:

  • anaconda3
  • python simpleitk的包
  • imageJ

解决过程如下:

首先下载ImageJ并对ImageJ进行调整,来自以下博文:https://blog.csdn.net/PiaoLiangHXD/article/details/75009671

博文里的相关操作是:

ImageJ Installation

  • Go to download ImageJ.
  • Make sure to download the bundled with 64-bit Java 1.8.0_112 version

ImageJ Setup

  • Go to download nifti.
  • Download nifti_io.jar
  • Go to \path-to-ImageJ\plugins\Input-Output
  • Delete the existing nifti_io.jar file from the folder
  • Copy the downloaded nifti_io.jar file into the folder
  • Restart ImageJ and check if File -> Import -> NIfTI-Analyze is there
  • If it is there, the plugin was successfully installed

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使用SimpleITK库进行二维区域生长的图像分割,可以按照以下步骤进行操作: 1. 导入SimpleITK库和其他必要的库: ```python import SimpleITK as sitk import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt ``` 2. 读取需要分割的图像: ```python image = sitk.ReadImage('your_image_path') ``` 3. 定义种子点,即生长的起点: ```python seed = (x, y) # 替换为实际需要的种子点的坐标 ``` 4. 定义生长的条件: ```python lower_threshold = 0 # 最小像素值 upper_threshold = 200 # 最大像素值 neighborhood_radius = 1 # 邻域半径 ``` 5. 调用SimpleITK的区域生长函数: ```python seg = sitk.Image(image.GetSize(), sitk.sitkUInt8) seg.CopyInformation(image) seg[np.where(np.asarray(sitk.GetArrayFromImage(image)) < lower_threshold)] = 0 seg[np.where(np.asarray(sitk.GetArrayFromImage(image)) > upper_threshold)] = 0 seg = sitk.BinaryDilate(seg, neighborhood_radius) seg = sitk.BinaryErode(seg, neighborhood_radius) seg = sitk.ConnectedThreshold(image1=image, seedList=[seed], lower=lower_threshold, upper=upper_threshold, replaceValue=1) ``` 6. 可选:将分割结果转换为numpy数组并进行可视化: ```python seg_np = sitk.GetArrayFromImage(seg) plt.imshow(seg_np, cmap='gray') plt.show() ``` 在上面的代码中,您需要将“your_image_path”替换为实际图像的路径,并根据需要修改种子点和生长条件的值。这些参数控制了生长的起点和条件,以及分割结果的形态。 此外,SimpleITK还提供了其他区域生长函数,如ConfidenceConnected和NeighborhoodConnected等。您可以根据自己的需要和偏好选择其中的一个函数来实现分割。
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