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RSS订阅原创 linux系统上硬盘的设备名、挂载点、卷标、UUID、SN序列号
在linux系统中，仅仅将硬盘连接到电脑上（通过直接接入硬盘接口或通过硬盘盒USB连接）是不够的，还需要将硬盘加入到一个目录当中（即挂载），才能访问其中的文件。自动挂载的时候，如果有卷标，通常会用卷标作为硬盘的标识符，若无，则会用系统默认的标识符（linux通常是用UUID，windows则是E:）。买的新硬盘，插在windows上，显示的标识符可能是“E:”，插在ubuntu上，显示的标识符可能是像下面的一大串字符，插在CentOS上，显示的标识符又是data0。：设备名通常反映了硬盘的接口类型。
2024-01-22 21:19:15
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原创 细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件
从第三行开始，第一个数n1代表基因（即Features.tsv中第n1行对应的基因），第二个数代表细胞（即Barcodes.tsv中第n2行对应的细胞），第三列是表达量。有的组由于原始数据处理的代码写的不够优雅，搞出的细胞-基因矩阵是tsv格式的也就算了，矩阵的行列都搞反了，搞成了每一列代表一个基因，每一行代表一个细胞，与seurat的RNA矩阵刚好相反。通常是两列多行，每一行代表一个基因，每行第一个是基因ID，第二个是对应的基因名称。通常是一列多行，每一行代表一个细胞。
2024-01-16 19:08:31
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原创 用一个简单的例子说明单细胞分析中的dgCMatrix数据的结构
而在其他很多编程语言中，数组下标都是从0开始，这样的话，p的第一个值为0，就可以让数组下标刚好与矩阵列的下标对应，从而便于理解p了：例如p[4]就代表前4列所有非零值的数量。然而R语言的数组下标是从1开始的，这样的话，p的第一个值被0占据后，所有的数组下标就与实际的矩阵列号错开了。此外，虽然没有第四列，但p在最后仍然会有一个p[4]，也就是虚拟的“第四列”前面的所有非零值总数，当然也就是整个矩阵中所有非零值的数量，即p[4]=5。x是存储矩阵中所有的非零值按从上到下，从左往右的顺序的排列。
2024-01-10 12:06:38
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原创 Ubuntu22.04开机左上角下划线闪烁不开机
按下ctrl+alt+F2，然后用用户名和密码登录，随后使用sudo apt install lightdm。根据提示排除错误信息，然后将lightdm安装完成就行。
2024-01-07 17:41:29
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原创 Ubuntu同步两个剪切板
安装完成后，启动Parcellite。右键这个图标，选择首选项，弹出设定窗口（如下图），然后勾选最上面三个“使用copy”、“使用Primary”和“Synchronize clipboards”，最后点击确定，此时两个剪切板就同步了。第一个剪切板是用鼠标操作，鼠标选中则复制，点击鼠标中键则粘贴（这个剪切板通常叫做——选择缓冲区）。第二个剪切板则是真正的剪切板，使用ctrl+c（在终端中默认是ctrl+shift+c）进行复制，使用ctrl+v进行粘贴（在终端中默认是ctrl+shift+v）。
2024-01-06 22:34:46
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原创 ubuntu 22.04 安装r-base时缺少r-recommended
这通常指的是 R 语言的标准安装包，包含了 R 语言的核心功能和一些基本的包。: 这通常是指 R 语言的核心库，即构成 R 语言基本功能的最核心部分。这些核心库通常是 R 语言运行所必需的，包含了最基本的函数和数据类型，是所有其他 R 包和用户编写的代码的基础。: 这个包包含了 R 语言的核心功能，是 R 运行的最基础部分。安装这个包通常不需要额外的依赖项，因此它可以在没有额外库的情况下安装。在 R 语言的环境中指代的是两个相关但有所区别的部分。专指 R 语言的核心组件，是 R 语言功能实现的基石。
2024-01-06 21:52:15
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原创 使用ImageJ将Raw格式图片批量转换为JPG
然后选择你的图片，设置好下图的参数（这里的参数你自己应该清楚），点击OK，然后你的Raw图片就被打开了。下图2中，红框标记的部分（从“image”开始，到引号截止）即为“自动方法”中第5步的imageInfo，4，完成前2步后，如果你是windows系统，那么需要将路径中所有的反斜杠“\”改成正斜杠“/”，并且路径最后的斜杠不能省略。5，imageInfo也需要根据你的Raw图片参数进行修改，具体修改方式请参考下方的手动方法。如有疑问欢迎加博主微信w2689115745交流！
2023-12-25 16:26:03
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原创 ImageJ批量切割大型.CZI格式图片
众所周知，使用ImageJ的bio-formats插件可以打开.czi格式的图片。然而，有时候.czi格式图片可能太大了，以至于超出了java所能处理图像的最大尺寸（大约是46340 x 46340），于是会报出超出内存的错误。这里其实不是超出了计算机的实际内存，而是超出了java语言对数组长度的限制，所以换一台内存大的电脑也没用，照样打不开。但是好在czi格式的文件支持“按需读取”。“按需读取”意思就是不加载整个图片，而只是把图片的小片区域读取到内存当中。
2023-06-26 13:17:13
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原创 国科大课程评估一键好评
你是否无心进行课程评估或教师评估，只想快速完成这一任务以方便查看成绩？你是否被课程评估中大量的勾选框所困扰？你是否希望一键完成这些任务？保存后，进入评估页面，然后这个点击这个书签，再在弹出的窗口中填入验证码，按enter键，即可快速完成一次课程评估！如今，你不需要了解任何代码知识，只需要保存一个浏览器书签，即可在评估页面中一键填完所有表单。
2023-05-29 13:35:37
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原创 已知基因名，如何在genbank中查询基因序列？
以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。
2022-11-06 18:20:21
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原创 ImageJ批量将大图分割为多个小图并分别保存
有时候我们拍摄的图片太大了，想要把图片分割为多个标准的小图，便于观察。使用ImageJ的Process->Batch->Macro批处理方法即可做到，您只需要在Input一栏填入您的原始图像所在路径，Output一栏空着就行，然后在代码框中填入以下代码（您仅需修改最上面的五行参数即可），点击process即可一键完成。.............................................
2022-07-25 23:32:26
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原创 ImageJ半自动处理方法：组合命令/批处理命令集/手动执行代码实现方式
有时候我们使用ImageJ手动处理图片时，需要多次使用相同的一组命令，比如“8-bit”→“Threshold”→“FillHoles”→“Watershed”→“AnalyzeParticles”，如果用鼠标一个一个去点这些命令很费时费力，这个时候我们可以通过“Plugins-Shortcuts-AddShortcut...”来将我们常用的命令添加快捷键，然后依次按下快捷键来代替鼠标点击命令。获得自己需要的一组命令的代码之后，新建一个txt文档，在其中写上如下代码。......
2022-07-19 15:02:19
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原创 安装numpy模块
使用deepTools里的命令时出现错误：Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/plotCorrelation", line 5, in <module> from deeptools.plotCorrelation import main File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/deeptools/plotCorrelation.py", line
2022-04-20 19:51:03
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原创 Trimmomatic、bowtie2、samtools和bedtools安装过程全记录（已全部安装成功）
首先你需要有一个linux的环境其次在linux系统下用浏览器打开trimmomatic的下载链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到一个新的文件夹中，然后复制trimmomatic-0.39.jar的路径，打开终端，输入jar <路径>/trimmomatic-0.39.jar，例如：jar /home/sai/workspace/go/src/pro
2021-11-08 19:23:43
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原创 ImageJ对荧光信号离散的细胞计数方法
ImageJ的自动细胞计数方法点击这里但是这个方法当中，如果你的细胞荧光信号是离散的很多点而没有连成片，那么最后这些离散的点是会被当做背景给屏蔽掉的。那么如何处理这样的问题呢？在我们进行了 8bit 和 Threshold 操作后，可以添加一步操作使这些离散的点变大从而互相“接壤”。方法就是：Process → Binary →Dilate，这一操作可以多做几次，直到离散的点相互联结在一起为止。做完之后，再继续做Fill Holes等后续操作就行了。注意，这一方法不能用在统计细胞平均荧光强度上.
2021-07-10 11:50:41
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原创 ImageJ的Macro语言实例教程
ImageJ是一款强大的生物图片处理软件。如果你懂一点编程的话，使用ImageJ内置的Macro语言可以让批量处理变得很轻松。Macro语言其实有官方的说明书，链接在此，不过是全英文的，看起来比较费劲。使用Process-> Batch-> Macro可以打开批量处理的窗口，它能自动地将input路径中的图片逐个打开，并执行代码中的操作，然后将最后一个选中的图片存入output文件夹，再处理下一个图片。本文使用一个例子对常用的Macro代码并进行解读。//为了方便解释代码，假设当前打开
2021-07-09 10:18:26
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原创 ImageJ批量操作时常见报错及其原因
ImageJ中，Process->Batch->Macro 的功能十分强大，通过使用代码可以批量地去处理大量的荧光图片。但是对于运行过程中的报错，却很难在网上找到解决方案。下面我汇总了一写常见的报错，并且将原因写在下面方便debug。there are no images open说明代码里面有多余的"close"。Noparticles were detected. The threshold (255-255)may not be correct.一般在analyze parti
2021-07-08 14:04:49
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原创 ImageJ自动批量多通道单细胞荧光测量
用ImageJ计算细胞荧光强度的时候，一般所有的细胞核都有蓝色的hoechst荧光信号，但对于其他颜色的荧光，比如说红色，就不一定了。比如有的细胞有红色荧光信号，有的细胞没有红色荧光信号。这时候，如果我们需要统计所有细胞的红色荧光，包括那些没有发出红色荧光的细胞的话，一个思路就是，用蓝色荧光来定位细胞，然后再重定位到红色荧光图片测量荧光。具体方法如下：将多通道的（即红绿蓝三色重叠的）tif图片复制到同一个文件夹。 Plugins → Macros → Record，弹出Recorder窗口。 I
2021-07-07 19:07:46
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原创 ImageJ自动批量多通道图片无损分离为单色荧光图
一共只需4步，ImageJ就可以将多通道的TIF图片中红绿蓝三色分开，并形成三张无损纯色荧光tif图片。准备：在桌面上（必须是桌面）创建2个文件夹，分别为文件夹1和文件夹2。将需要拆分的多通道图片放入文件夹1中。可以放多张。将文件夹2重命名为1CHANNEL。如果命名为其他，则相应的需要将下面代码中红字部分改为对应的名称。开始：打开ImageJProcess → Batch → Macro Input选择文件夹1 Output选择任意一个没用的空文件夹。不能选 将以下代码复制到
2021-07-07 16:56:04
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原创 ImageJ自动批量荧光面积统计
本方法只介绍批量处理方法，单张图片请再第3步后，点击select，按M即可。将相类似的需要计算荧光面积的图片复制在同一个文件夹中。用ImageJ打开其中一张图片，1，Plugins → Macros → Record，弹出Recorder窗口（如下图）。接下来你的每一步操作均会以代码的形式记录在这个窗口。2，Image → Adjust → Color Threshold，弹出Threshold Color窗口（如下图）。3，Color space选择HSB，Threshold co
2021-07-05 22:41:02
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原创 ImageJ自动测量每个细胞平均荧光强度及批量处理多张图片
用ImageJ打开需要测量的细胞荧光图片后1-1，Image → Duplicate，弹出Duplicate窗口。Title一般是xxx-1（xxx代表原图片名），不用改，直接点OK。1-2，Image → Type → 8-bit1-3，Image → Adjust → threshold，弹出Threshold窗口1-4，调节这个窗口中间两个横向的滚动条，使图片中的细胞为红色，背景为黑色，其中背景中的红点尽量少而小。其他的不动，然后点apply1-5，Process → Bi
2021-06-24 14:17:04
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原创 ImageJ自动细胞计数的方法以及批量处理多张图片
第一种：适用于团状细胞计数用ImageJ打开图片后，1-1，Image → Type → 8-bit1-2，Image → Adjust → threshold，弹出Threshold窗口。1-3，如图，调节这个窗口中间两个横向的滚动条，使图片中的细胞为红色，背景为黑色，其中背景中的红点尽量少而小。其他的不动，然后点apply1-4，Process → Binary → Fill Holes，这一步是将细胞中间的洞填满1-5，Process → Binary → Watershe
2021-06-24 14:13:42
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