MedMNIST采坑记录

总结一句就是我真的太菜了。
想在自己的电脑上跑一下这个数据集，结果遇到很多问题，俺真是太菜了。。。。
先贴这个项目的三个链接。
1.论文
https://arxiv.org/abs/2010.14925
2.项目
https://medmnist.github.io/
3.github
https://github.com/MedMNIST/MedMNIST

在github上把整个代码下载下来，pycharm打开，嗯就是这个样子

下载下来直接右键运行train.py,很神奇这个默认是在pytest下运行的，报错报错，在run中改成一般的运行。

再次运行，结果，说我没有sklearn。神奇
因为运行这个要用到pytorch，所以我一开始在settings中选择了这个

但是这里没有sklearn啊！！！好吧那就装一个，打开anaconda中的prompt，进入我当时装pytorch的虚拟环境：conda activate pytorch，然后pip install sklearn
完事，顺手把pandas也装了。

OK继续，发现environ.py 文件需要填两个路径，dataroot和outputroot，他有给参考是/data和/result，既然给了参考值，那就参考呗。

再次运行，还是报错，提示是：
Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 225, in
data_name = sys.argv[1]
IndexError: list index out of range

百度了一下这个错误，大意就是我少了一个参数，完整的是python xxx.py A，我少了A这个参数，正常的运行不是到文件名结束就完事了吗5555，这个A是啥，不管先传个5进去，诶这个pycharm下面的框框文字不能编辑诶，好吧那就用anaconda prompt运行，打开之后输入：

又报错==，
Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 226, in
main(data_name)
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 36, in main
with open(INFO, ‘r’) as f:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘./medmnist/medmnist.json’
OK那研究一下代码吧，应该是这个data_name不对，导致INFO读不出来，看了一下medmnist.json，上面那个神奇的A参数传的应该是10个不同的分类的名称，这就是这10个名字，那再来吧
选了chestmnist，还是报错啊啊啊啊我的心态，提示是：

Traceback (most recent call last):
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 226, in
main(data_name)
File “F:/pycharmProjects/MedMNIST-main/train.py”, line 67, in main
train_dataset = dataclass[flag](split=‘train’, transform=train_transform)
File “F:\pycharmProjects\MedMNIST-main\medmnist\dataset.py”, line 23, in init
npz_file = np.load(os.path.join(environ.dataroot,"{}.npz".format(self.flag)))
File “C:\Anaconda3\envs\pytorch\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py”, line 428, in load
fid = open(os_fspath(file), “rb”)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: ‘/data\chestmnist.npz’
到这一步发现，我根本没有下载数据集。。。。。。。。。。。===
https://www.dropbox.com/sh/upxrsyb5v8jxbso/AADOV0_6pC9Tb3cIACro1uUPa?dl=0
去这个链接把所有数据集都下载了，然后放在就是上面那个/data的data文件夹下，

再次运行！这次应该没问题了，开始漫长的等待。。。
以上都是在自己的拉闸笔记本上搞的，在服务器上搞搞更快，注意路径，我又去看了github他的原话，唉，一开始没仔细看，又是一大圈，

他这里说的好清楚哦。。。。

跑成功之后是这样子的，在result下有产生了这些文件

这是我第一个在服务器上跑的pytorch5555555555555