2016年10月_g863402758

转载 linux expr命令参数及用法详解

expr命令一般用于整数值，但也可用于字符串。一般格式为：　　#expr argument operator argument　　expr也是一个手工命令行计数器。　　#$expr 10 + 10　　20　　#$expr 1500 + 900　　2500　　#$expr 30 / 3　　10　　#$expr 30 / 3 / 2　　5　　(注意运算符左右

2016-10-31 17:15:13 2396

转载 Linux 的变量字符串截取和替换方法

Linux 的字符串截取很有用。有八种方法。假设有变量 var=http://www.aaa.com/123.htm.1. # 号截取，删除左边字符，保留右边字符。复制代码代码如下:echo ${var#*//}其中 var 是变量名，# 号是运算符，*// 表示从左边开始删除第一个 // 号及左边的所有字符即删除 http://

2016-10-31 16:46:44 1663

同样是linux，为什么shell登录后显示的前缀会不同呢，有些显示包含当前的用户名、主机名等信息，而有些仅显示一个#，如下图：其实，shell登陆后具体显示的内容由环境变量”PS1″控制，我们可以echo $PS1查看一下当前的”PS1″环境变量的内容通过修改用户的“home”目录下的.bashrc配置文件，添加内容export PS1=”\u@\h \w> ”或修改全局配置文件”/etc/pro

2016-10-31 15:26:47 3934

转载 Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二. 安装 Cufflinks下载网页。 1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。 tar jxvf boost

2016-10-29 17:49:45 8364

转载 Trinity进行转录组组装（2））

1. Trinity进行转录组组装Trinity进行转录组组装的典型命令如下:$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.clean.fast

2016-10-28 17:41:23 11828 1

转载 Trinity简介（1）--用于无参考基因组的转录组de novo组装

一、 Trinity简介Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为：Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列；

2016-10-28 17:35:12 13113 1

转载 Linux文件压缩/解压命令

#Linux文件压缩Linux下最常用的打包程序就是tar了，使用tar程序打出来的包我们常称为tar包，tar包文件的命令通常都是以.tar结尾的。生成tar包后，就可以用其它的程序来进行压缩了，所以首先就来讲讲tar命令的基本用法：　　tar命令的选项有很多(用man tar可以查看到)，但常用的就那么几个选项，下面来举例说明一下：　　# tar -cf all.t

2016-10-28 17:03:32 379

原创 Java 缺少X11

#先运行Xming，在windows系统栏会出现logo。。#- 运行PuTTY, 打开PuTTY Configuration。在Session/Specify the destination you want to connect to输入linux主机IP地址，端口默认（22）。在Session/Load, save or delete a stored session/Saved Ses

2016-10-28 16:38:26 1473

转载 Linux下环境变量设置的三种方法

Linux下环境变量设置的三种方法：如想将一个路径加入到$PATH中，可以像下面这样做：1、控制台中设置，不赞成这种方式，因为他只对当前的shell 起作用，换一个shell设置就无效了：$PATH="$PATH":/NEW_PATH (关闭shell Path会还原为原来的path)2、修改 /etc/profile 文件，如果你的计算机仅仅作为开发使用时推存使

2016-10-28 16:33:04 308

转载生物信息学数据库大全

综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ，美国国家生物技术信

2016-10-28 16:16:55 32224

悠悠的博客