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bioinformatics
g863402758
这个作者很懒,什么都没留下…
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bwa软件的使用
bwa软件的使用下载地址http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml第一步: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File[root@localhost ]# bwa index -a bwtsw human_hg18_ref.fa(human参考基因组18)转载 2016-11-07 17:04:17 · 4284 阅读 · 0 评论 -
Trinity(3)
转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102v7xu.html1:分析流程图如下2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下:cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fqcat 1M_READS_sample/*.right.fq >转载 2016-11-28 14:46:33 · 2440 阅读 · 1 评论 -
全基因组重测序数据分析
全基因组重测序数据分析转自:http://www.biodiscover.com/news/research/95875.html1. 简介(Introduction)通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以转载 2017-02-07 13:40:42 · 40548 阅读 · 2 评论 -
linux 下安装blat软件
linux 下安装blat软件blat是一款很经典的比对工具,与blast相比,具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是,blat源码包里面的README文件写得很不清楚,这里,我来提供一份详细的安装文档。0、下载地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/1、解压 blastSrc.zip文件夹,并进入blastSrc;转载 2017-04-06 08:58:22 · 5215 阅读 · 1 评论 -
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程转自:http://blog.csdn.net/u013816205/article/details/51262289此文只是用于作者和所有初接触annovar软件者分享交流。更深入学习请仔细阅读全文。转载请注明。ANNOVAR是一个perl编写的命令行工具,能在安装了perl解释器的多种操作系统上执行。允转载 2017-07-18 14:52:53 · 1875 阅读 · 0 评论 -
SOAPfuse 安装
抄自:http://www.bio-info-trainee.com/tag/soapfuse一,软件安装软件下载地址:https://sourceforge.net/projects/soapfuse/files/SOAPfuse_Package/SOAPfuse-v1.27.tar.gz下载压缩包,解压后即可使用。将s转载 2017-09-11 15:17:47 · 957 阅读 · 0 评论 -
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2转自:http://blog.biochen.com/archives/337HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https://ccb.jhu.edu/software/转载 2017-09-29 13:33:15 · 10323 阅读 · 0 评论 -
hg18vshg19转换工具
(BED or chrN:start-end formats): (BED or chrN:start-end formats):http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver转载 2017-10-09 14:07:02 · 2181 阅读 · 0 评论 -
QIIME Installation Guide
QIIME Installation GuideInstalling QIIME on Mac OS X and Linux using MinicondaQIIME consists of native Python 2 code and additionally wraps many external applications. These instructions descr转载 2017-11-17 16:39:10 · 576 阅读 · 0 评论 -
几个多序列比对软件:Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较
几个多序列比对软件:Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较转自:https://www.plob.org/article/4104.htmlClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件, Muscle是速度最快的多序列比对之一,T-coffee是越来越受到欢迎的软件.它们各自有什么优点和缺点呢?ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能转载 2016-12-01 10:11:45 · 41084 阅读 · 0 评论 -
Muscle 进行多序列比对
Muscle 进行多序列比对转自:https://www.plob.org/article/9904.html软件的主页是http://www.drive5.com/muscle/进入主页,简单看看软件介绍,这个软件还是蛮牛的,一个人在家里自己写出来的,当然,对于普通人来说,这个软件跟clustalW没什么区别,反正都是多序列比对啦!我们下载适合我们平台的版本即可!转载 2016-12-01 10:04:47 · 15587 阅读 · 0 评论 -
BEDTools使用说明
转自:http://www.bbioo.com/lifesciences/40-116872-1.html1、概述BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示,用UC转载 2016-11-29 12:41:28 · 15809 阅读 · 2 评论 -
VCF (Variant Call Format)格式详解
VCF文件示例(VCFv4.2) 转自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html##fileformat=VCFv4.2##fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot转载 2016-11-07 17:43:17 · 8483 阅读 · 1 评论 -
二代测序数常用软件
作者:王理中链接:https://www.zhihu.com/question/23566982/answer/25220599来源:知乎著作权归作者所有,转载请联系作者获得授权。Coding languagePerl http://www.perl.org/Python https://www.python.org/R http://www.r-pro转载 2016-11-08 08:56:32 · 9236 阅读 · 0 评论 -
samtools的使用
转自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.htmlsamtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍1. viewview命令的主要功能是:将sam文件转换转载 2016-11-08 13:34:11 · 4563 阅读 · 0 评论 -
snpeff使用
1, download $ wget https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip2, $unzip snpEff_latest_core.zip3, 配置hg19基因组$./java -jar snpEff.jar -v hg19java版本需要1.7+(Exception in转载 2016-11-08 11:27:57 · 11227 阅读 · 0 评论 -
生物信息学数据库大全
综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ,美国国家生物技术信转载 2016-10-28 16:16:55 · 32041 阅读 · 0 评论 -
Trinity简介(1)--用于无参考基因组的转录组de novo组装
一、 Trinity简介Trinity,是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件,由三个独立的软件模块组成:Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为:Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列;转载 2016-10-28 17:35:12 · 13030 阅读 · 1 评论 -
Trinity进行转录组组装(2))
1. Trinity进行转录组组装Trinity进行转录组组装的典型命令如下:$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.clean.fast转载 2016-10-28 17:41:23 · 11800 阅读 · 1 评论 -
Cufflinks --转录组组装有参考基因组
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 Cufflinks下载网页。 1. 为了安装Cufflinks,必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。 tar jxvf boost转载 2016-10-29 17:49:45 · 8329 阅读 · 0 评论 -
PyVCF
抄自:https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/9204088.htmlvcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息。嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要。它的文件信息如下:文件的开头是一堆以“##”开...转载 2018-11-05 10:57:38 · 1813 阅读 · 0 评论